Yhteenveto
Peli alkaa, kun Tohtori Eggman muuttaa Tailsin, Amy Rosen, Rougen ja Master Emeraldin korteiksi uudella laitteellaan. Sonic ja Knuckles saapuvat paikalle ja saavat selville, mitä on tapahtunut. Knuckles, joka on päättänyt pelastaa Master Emeraldin, sanoo Sonicille, että yhteistyö ei tule kysymykseen ja että hänen täytyy päästä Eggmanin luo ensin. Sonic virnistää ja sanoo pitävänsä hyvästä haasteesta.
Samaan aikaan Shadow the Hedgehog saa hätäsignaalin Eggmanilta. Yhtäkkiä salaperäinen siili nimeltä Silver ilmestyy tulevaisuudesta. Silveriä alkaa ajaa takaa Shadow. Kun he kohtaavat, Silver kertoo Shadowille, että hänen täytyy päästä Eggmanin luo ensin. Useiden yhteenottojen jälkeen paljastuu, että Dr. Eggman onkin itse asiassa Eggman Nega ja että oikea Tohtori Eggman on vangittu korttiin ennen tarinan alkua. Viimeisen taistelun jälkeen Sonicin, Knucklesin, Shadown ja Silverin kanssa Nega kukistetaan, kaikki palautetaan alkuperäisiin muotoihinsa, ja Silver palaa tulevaisuuteen Eggman Negan kanssa, joka on vangittuna korttiin.