Yhteenveto
Chao on kadonnut, ja Sonic the Hedgehog sekä Miles "Tails" Prower ryhtyvät heti selvittämään tapausta. Käy ilmi, että Eggman Nega (joka jälleen esiintyy Doctor Eggmanina) on varastanut Chaot ja piilottanut ne kummitustaloon. Hänen suunnitelmansa on syöttää ne ulottuvuuksienväliselle hirviölle nimeltä "Ifrit", joka tarvitsee niitä tullakseen voittamattomaksi. Tämän jälkeen hän aikoo päästää Ifritin maailmaan tuhotakseen sen. Kuitenkin Ifritin maailman portaalin avaamiseksi tarvitaan seitsemän Chaos Emeraldia. Eggman Nega palkkaa salaa Rouge the Batin keräämään Chaos Emeraldit. Myös Master Emerald on kadonnut (taas), ja Knuckles the Echidna yhdistää voimansa Rougen kanssa löytääkseen sen.
Samaan aikaan Silver the Hedgehog on palannut tulevaisuudesta, joka on nyt pilalla Ifritin takia. Luodakseen onnellisemman tulevaisuuden hän etsii ja varastaa jäljelle jääneet Chaot piilottaakseen ne. Espio luuli aluksi Silverin piilottelevan Chaoita pahojen aikeiden vuoksi, mutta tajuaa lopulta, että Silver yrittää pelastaa maailman. He työskentelevät yhdessä maailman pelastamiseksi. Oikea Dr. Eggman lähettää Metal Sonicin löytämään Shadow'n ja kertoo hänelle Negan suunnitelmista. Nega on saanut tietää Ifritistä professori Gerald Robotnikin päiväkirjojen kautta, ja Shadow sekä Metal Sonic lähtevät hakemaan Chaos Emeraldit ennen häntä. Eggman käyttää Metal Sonicia viestintävälineenä auttaakseen Shadow'ta matkan varrella.
Kaikki tiimit kohtaavat Mystic Haunt Zonella, jossa Ifritin maailman portaali on. Vaikka Rouge kerää vain kuusi Emeraldia, portaali aukeaa silti ja Nega lähettää uuden Metal Sonic -kopionsa, Metal Sonic 3.0:n, herättämään Ifritin. Vaikka Ifrit hallitsee Sonicin, Tailsin, Knucklesin ja Rougen mieliä (riippuen siitä, kenen pelaaja valitsee), muut tiimit onnistuvat voittamaan sen. Shadow ja Metal Sonic voittavat Ifritin ja sulkevat portaalin, mutta jäävät Eggman Negan kanssa ansaan Ifritin ulottuvuuteen. Metal Sonic repii kuitenkin runkonsa auki, paljastaen seitsemännen Chaos Emeraldin. Shadow käyttää Emeraldia teleportatakseen takaisin Metal Sonicin kanssa. Nega jää loukkuun romun alle.
Sonic ja Tails pelastavat kaikki Chaot ja vievät ne Chao-puutarhaan rentoutumaan, kun taas Knuckles löytää Master Emeraldin Emerald Detectorista, jonka hän ja Rouge varastivat Eggman Negalta. Rouge varastaa Master Emeraldin ja pakenee, ja Silver palaa toivottavasti onnelliseen tulevaisuuteen. Espion on vastattava Vector the Crocodilelle, joka on käyttänyt asiakkaansa etukäteismaksun myöhästyneiden vuokramaksujen maksamiseen.