Yhteenveto
Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles (tai yksinkertaisesti Sonic 3 & Knuckles tai Sonic 3 Complete Edition) on tasohyppelypeli, joka syntyy yhdistämällä Sonic & Knuckles ja Sonic the Hedgehog 3 käyttämällä edellisen kasetin ainutlaatuista "lock-on" -teknologiaa. Tämä peli on käytännössä yhdistelmä näistä kahdesta pelistä ja sisältää kaikki niiden kentät sekä erityisominaisuuksia, jotka ovat ainutlaatuisia tälle pelille. Tämä olisi ollut alkuperäinen Sonic the Hedgehog 3, jonka kehittäjät halusivat, mutta Segan aikarajoitteiden vuoksi peli jaettiin kahteen osaan.
Tarina
Sonic the Hedgehog 2:n lopussa pahis Dr. Robotnikin Kuolemanmuna pudotettiin kiertoradalta sankarien, Sonic the Hedgehogin ja hänen kumppaninsa Miles "Tails" Prowerin toimesta. Vaikka se ei täysin tuhoutunutkaan, Kuolemanmuna syöksyi kelluvalle saarelle ja vei sen mukanaan meren pohjaan. Tällä saarella on erityisiä ominaisuuksia, joista merkittävin on sen maaginen leijumiskyky. Kun Dr. Robotnik havaitsee saaren syvyyksissä olevan valtavan Kaaossmaragdin, hän päättää jälleen etsiä Kaaossmaragdit, jotta hänen pudonnut Kuolemanmunansa voisi palata kiertoradalle avaruuteen. Kääntäen murskaavan tappionsa jälleen eduksi, hän kaappaa eläimiä muuttaakseen ne Badnikeiksi ja luo uuden asearsenaalin.
Samaan aikaan Knuckles on tavallisella kävelyllään Smaragdialttarilla tarkistamassa, ovatko smaragdit kunnossa, kun yhtäkkiä valtava maanjäristys yllättää hänet. Knuckles näkee smaragdien värisevän ilmassa, ja ennen kuin hän ehtii reagoida, hänet sinkoaa ilmaan ja hän menettää tajuntansa. Kun hän herää, Kaaossmaragdit ovat kadonneet, mutta Knuckles huomaa kauempana suuren munan. Yllättynyt Knuckles muistaa legendan muinaisesta lohikäärmeestä, joka lähetettiin tuhoamaan maailman lopun aikana, ja ajattelee tätä mystistä munaa lohikäärmeeksi. Sitten ilmestyy jättimäinen munanmuotoinen hahmo, joka esittäytyy "Dr. Eggmaniksi". Hän kertoo Knucklesille tulleensa tänne tutkimaan tätä jättimäistä munaa ja että paha siili nimeltä Sonic yrittää estää hänen tutkimuksensa ja varastaa Kaaossmaragdit. Knuckles, lääkärin huijaamana, lähtee etsimään tätä häirikköä. Eggman hymyilee itsekseen, tyytyväisenä kykyynsä valehdella.
Heti Sonic 3:n tapahtumien jälkeen, joissa Dr. Robotnikin kiertorata-ase, Kuolemanmuna, vaurioituu taistelussa Sonicin kanssa ja syöksyy takaisin Enkelisaarelle. Sonic matkustaa läpi eri vyöhykkeiden etsimässä Kaaossmaragdit kukistaakseen Robotnikin ja joutuu jälleen vastakkain Knucklesin kanssa, joka uskoo Sonicin yrittävän varastaa smaragdit itselleen. Hidden Palace Zonella Sonic taistelee ja voittaa Knucklesin. Kaksikko kuulee häiriön kammion ulkopuolelta ja menee ulos nähdäkseen Dr. Robotnikin varastavan Master Emeraldin, saaren leijuntavoimien salaisuuden. Knuckles yrittää hyökätä Robotnikin kimppuun, mutta saa sähköiskun ja jää loukkuun Sonicin kanssa maanalaiseen käytävään. Knuckles tajuaa Sonicin olevan hänen puolellaan ja näyttää tälle portaalin, joka vie heidät Sky Sanctuaryyn, jossa Kuolemanmuna on nousemassa uudelleen. Sonic tunkeutuu Kuolemanmunaan ja voittaa Robotnikin Super Sonicina.
Knucklesin tarina, joka sijoittuu Sonicin kampanjan jälkeen, alkaa Mushroom Hillissä, jossa hän rentoutuu eläinystävineen, mutta EggRobon pudottama pommi keskeyttää hänen rauhansa. Tämä saa Knucklesin lähtemään EggRobon perään, mikä vie hänet läpi vaikeampien versioiden samoista vyöhykkeistä, joista Sonic kulki. Takaa-ajo päättyy vaurioituneisiin Sky Sanctuaryn jäänteisiin, missä robotti nimeltä Mecha Sonic hyökkää Knucklesin kimppuun, mutta tuhoaa vahingossa EggRobon. Lyhyen taistelun jälkeen Mecha Sonic käyttää Master Emeraldin voimaa saavuttaakseen Super-muodon, joka on samanlainen kuin Sonicin. Knuckles onnistuu voittamaan Super Mecha Sonicin, joka räjähtää. Sonic lentää paikalle ohjaten kaksitaso Tornadoa ja Knuckles pääsee kyytiin palauttaakseen Master Emeraldin Enkelisaarelle. Jos kaikki Kaaossmaragdit on kerätty, Enkelisaari nousee taivaalle. Jos pelaaja ei ole kerännyt kaikkia Kaaossmaragdeja, Knuckles ei voi palauttaa Master Emeraldia, ja Enkelisaari syöksyy mereen.