Yhteenveto
Sonic & Knuckles -pelin tapahtumien jälkeen merestä nousi salaperäinen saari. Tohtori Robotnik löysi saaren ja löysi sieltä mystisen renkaan, johon oli kirjoitettu kuvauksia Chaos Ringeistä, muinaisista sormuksista, jotka ovat täynnä Chaos Emeraldin energiaa. Löytääkseen nämä renkaat Robotnik rakensi saarelle tukikohtansa, Newtrogic High Zonen. Myös Mighty the Armadillo, Espio the Chameleon, Vector the Crocodile ja Charmy Bee saapuivat saarelle, mutta Robotnik ja Metal Sonic nappasivat heidät ja laittoivat Robotnikin Combi Catcher -koneeseen. Knuckles, jota outo saari kiinnosti, saapuu myös paikalle ja onnistuu pelastamaan Espion. Yhdessä he ryhtyvät estämään Robotnikia saamasta Chaos Ringejä.
Tarina
Tarina
Knuckles' Chaotixin tarina eroaa japanilaisten ja länsimaisten pelijulkaisujen välillä, ja niiden juonenkulut ovat täysin yhteen sovittamattomia.
Japani
Muutama kuukausi Sonic & Knuckles -pelin tapahtumien jälkeen eteläisestä merestä nousi salaperäinen saari. Tohtori Eggman löysi saaren ja löysi sieltä pienen renkaan, johon oli kaiverrettu tekstiä legendaarisesta sivilisaatiosta. Pian sen jälkeen Eggman löysi toisen muinaisen renkaan, joka muistutti Leijuvan Saaren Super Rengasta ja osoittautui olevan Erikoisrengas, jota kadonneet ihmiset olivat käyttäneet. Erikoisrenkaan luoma mystinen tila oli täynnä Mestari Smaragdin Pilarin energiaa, joka kiteytyi kuudeksi Kaaosrenkaaksi. Tämän ilmiön jälkeen Eggman päätti jatkaa Erikoisrenkaan tutkimista paljastaakseen Sonicin ja ystävien käyttämien renkaiden salaisuudet sekä teoriassa kutsuakseen himoitun Mestari Smaragdin. Inspiroituneena Eggman muutti saaren nopeasti lomakohteeksi, jonka hän nimesi Newtrogic High Zoneksi, toimiakseen hänen huipputeknologisena tutkimuslinnakkeena. Hän kiteytti energiaa keinotekoisiksi Pimeiksi Renkaiksi koneilleen ja alkoi kehittää Rengasvoimaa, joka loisi aika-avaruusyhteyden renkaiden välille. Mighty the Armadillo, Espio the Chameleon, Vector the Crocodile ja Charmy Bee saapuivat kaikki saarelle eri syistä ja päätyivät Eggmanin ja Metal Sonicin vangiksi Combi Catcher -koneeseen. Knuckles the Echidna, joka päätteli jonkin vahvistavan Mestari Smaragdin Pilarin voimaa, suuntasi myös saarelle ja onnistui pelastamaan Espion matkan varrella. Kaksikko suuntasi Maailman Sisäänkäynnille, missä he löysivät muut ja lähtivät estämään tohtori Eggmania onnistumasta suunnitelmissaan.
Länsi
Juoni alkaa päivää ennen Carnival Islandin avajaisia, joka on valtava huvipuistolomakohde, jossa on viimeisintä huutoa olevat laitteet ja pelit. Saaren vartijana Knucklesin tehtävä oli varmistaa, ettei mikään menisi pieleen ennen suurta tapahtumaa.
Kulissien takana tohtori Robotnik kehitti uutta ilkeää juontaan. Käyttääkseen uutta katalalaista laitettaan Robotnik meni Carnival Islandille etsimään Voima Smaragdia, joka tuotti sähköä koko saarelle – työkalu, joka sopisi täydellisesti hänen suunnitelmaansa. Varmistaakseen, ettei Knuckles ystävineen häiritsisi hänen suunnitelmiaan, Robotnik käytti Combi Catcheria jäädyttääkseen ajan Mighty the Armadillolle, Espio the Chameleonille, Vector the Crocodilelle ja Charmy Beelle.
Kun Knuckles palasi partioimasta saaren kaukaiselta puolelta, hän löysi tohtori Robotnikin vangitsemassa Espio the Chameleonia Combi Catcheriin, pelästyttäen pahiksen pakoon ja pelastaen Espion. Sen jälkeen Knuckles huomasi, että hän pystyi pelastamaan muita ystäviään yksi kerrallaan käyttämällä Rengasvoimaa, voimaa, joka pitää kaksi kumppania yhdessä kuin maaginen kumilenkki. Kestämättä pitkään Knuckles lähti tiiminsä kanssa pelastamaan Carnival Islandia Robotnikilta ennen suurta avausta.