Yhteenveto
Peli on jatko-osa Sonic the Hedgehog 2 -pelille samalle järjestelmälle ja jatkaa suoraan edeltävän pelin lopusta, jossa Sonic kukisti vihollisensa, tohtori Robotnikin. Sonic tekee pakkolaskun leijuvalle saarelle ja kohtaa uuden hahmon, Knuckles the Echidnan. Hänen on jälleen kerättävä Chaos Emeralds -smaragdit ja estettävä tohtori Robotnikia käynnistämästä uudelleen alustaansa, Death Eggiä.
Tarina
Kun Sonic on voittanut tohtori Robotnikin Sonic the Hedgehog 2:n lopussa, tämän avaruusasema, Death Egg, syöksyy maahan mystiselle kelluvalle saarekkeelle nimeltä Angel Island (tai pelin käsikirjan mukaan yksinkertaisesti "the Floating Island"). Tohtori Robotnik aloittaa vaurioituneen aseman korjaamisen ja tapaa matkallaan Knucklesin, viimeisen elossa olevan muinaisen Echidna-sivilisaation jäsenen, joka aikoinaan asutti saarta. Hän on myös Master Emeraldin vartija, joka antaa saarelle sen leijuntavoimat.
Tietäen, että Sonic ja Tails tulevat etsimään häntä, ja ymmärtäen, että hän voi käyttää Master Emeraldia avaruusaseman voimanlähteenä, Robotnik huiputtaa Knucklesin uskomaan, että Sonic yrittää varastaa hänen Emeraldinsa. Pian tämän jälkeen Sonic ja Tails etsivät Robotnikia kaksitasollaan, Tornadolla. Sonic muuntuu Super Soniciksi mukanaan Sonic 2:n tapahtumista saadut smaragdit. Heti heidän saapuessaan Knuckles hyökkää maan alta ja pudottaa Chaos Emeraldit Sonicilta, palauttaen hänet normaaliin tilaansa. Knuckles varastaa smaragdit ja katoaa saaren sisäosiin. Sonic ja Tails kohtaavat Knucklesin lähes jokaisella tasolla, missä hän estää heidän etenemistään.
Viimeisellä tasolla, Launch Base Zonella, Death Egg laukaistaan uudelleen ilmaan, jolloin Knuckles putoaa pylväästä ja syöksyy veteen. Sonic matkaa Death Eggin tasanteelle, taistelee ja voittaa Robotnikin viimeisen kerran. Death Egg nähdään vaurioituneena ja putoamassa Robotnikin tappion jälkeen, minkä jälkeen se syöksyy takaisin Angel Islandille – johtaen tarinan toiseen osaan Sonic & Knucklesissa.