Yhteenveto
Liiku kuin varjo. Iske kuin käärme.
Salaperäinen Tenrai on kerännyt armeijan ninjoja ja pimeyden herroja, ja aloittanut valloitusretken 1500-luvun Japaniin. Nyt mestarisi, lordi Gohda, on kutsunut sinut – ovelan salakavalan salamurhaajan – pysäyttämään Tenrain ja hänen opetuslapsensa ennen kuin kaikki on menetetty.
Elä kunniakkaasti. Tapa salaa.
Tarina
Kun lordi Mei-Oh kukistettiin pelissä Tenchu: Stealth Assassins, Rikimaru jäi lordi Mei-Oh'n linnoitukseen kantaen valtavaa kiveä luodakseen pakoreitin Ayamelle ja prinsessa Kikulle. Hän näyttää jääneen loukkuun ja kuolleeksi oletetuksi. Ayame asetti Rikimaru'n miekan, "Izayoi" (joka nähdään hänen vetävän esiin Wrath of Heaven -pelin avausanimaatiossa), lumeen muistomerkiksi nyt kuolleeksi katsotulle ninjatoverilleen. Vuotta myöhemmin Rikimaru ilmoittaa lordi Gohdalle selvinneensä tästä läheltä piti -tilanteesta; tietämättään he eivät tiedä, että oikea Rikimaru on jumissa 1900-luvulla etsien keinoa palata takaisin omaan aikaansa.
Pelissä juoni etenee eri tavalla riippuen valitusta hahmosta, mutta yhdistyy tietyissä kohdissa. Tarina keskittyy pääasiassa Rikimaru'n paluuseen ja kamppailuun kolmen jalokiven hallinnasta, joiden sanotaan antavan voimaa niitä hallussaan pitäville. Nämä ovat Taivaan, Maan ja Hyveen jalokivet. Tenrai, paha velho, joka haluaa saada ne käsiinsä, komentaa joukkonsa riistämään jalokivet niiden haltijoilta. Kohtaessaan Rikimaru'n hän vaikuttaa kiinnostuneelta tämän voimasta ja yrittää houkutella häntä liittymään joukkoihinsa. Rikimaru kieltäytyy, ja hän sekä Ayame kohtaavat jokaisen heistä. Yksi Tenrai'n palveluksessa olevista on Onikage, joka palvelee häntä vain toteuttaakseen suunnitelmansa herättää henkiin Mei-Oh (hänen entinen mestarinsa) ja Tatsumaru (Azuma Ninja -klaanin entinen johtaja, jonka Tenrai on herättänyt henkiin). Rikimaru ja Ayame seuraavat Tenrai'ta hänen linnoitukseensa estääkseen häntä tuhoamasta maailmaa kahden jalokiven voimalla. Jos hänet voidaan kukistaa, rauha palaa Gohdan maahan.