Yhteenveto
16. vuosisadan Japania repineet väkivaltainen kapina ja sisäiset levottomuudet näyttävät olevan päättymässä. Kuitenkin salaperäinen Tenrai on aloittanut tehtävänsä valloittaa maa keräämällä ympärilleen ninjojen ja pimeyden herrojen armeijan. Mestarisi, Lordi Gohda, on kutsunut sinut, ovelan salakavalan salamurhaajan, pysäyttämään Tenrain ja hänen oppilaansa ennen kuin kaikki on menetetty. Tutki 11 uskomattoman yksityiskohtaista tasoa, mukaan lukien kaksi uutta yksinpelikarttaa, ja koe verkossa tapahtuvaa ninja-stealth-toimintaa Xbox Liven kautta, pelaten ystävän kanssa kaksinpelitilassa, jossa on täysin uusia salaisia tappoja, tai valitse 20 pelattavasta hahmosta ja kohtaa vastustajasi kuolemanottelutilassa.
Tarina
Kun Lordi Mei-Oh kukistettiin pelissä Tenchu: Stealth Assassins, Rikimaru jäi Lordi Mei-Oh'n linnoitukseen kantaen valtavaa kiveä avatakseen pakoreitin Ayamelle ja Prinsessa Kikulle. Hän vaikuttaa jääneen loukkuun ja kuolleeksi tuomituksi. Ayame pystytti Rikimarun miekan, "Izayoin" (tämä miekka nähdään hänen vetävän esiin Wrath of Heavenin avausanimaatiossa), lumeen muistomerkiksi nyt kuolleeksi katsotulle ninjatoverilleen. Vuotta myöhemmin Rikimaru raportoi Lordi Gohdalle selviytyneensä tästä lähes kuolemaan johtaneesta tilanteesta; tietämättään heille, todellinen Rikimaru on jumissa 1900-luvulla yrittäen löytää tien takaisin omaan aikaansa.
Pelin juoni etenee eri tavoin riippuen valitusta hahmosta, mutta yhdistyy tietyissä kohdissa. Tarina keskittyy pääasiassa Rikimarun paluuseen ja taisteluun Kolmesta Jalokivestä, joiden sanotaan antavan voimaa haltijalleen. Nämä ovat Taivaan, Maan ja Hyveen Jalokivet. Tenrai, paha velho joka haluaa saada jalokivet itselleen, käskee joukkojaan ottamaan jalokivet niiden haltijoilta. Kohtaessaan Rikimaru, Tenrai vaikuttaa kiinnostuneelta hänen voimastaan ja yrittää houkutella häntä liittymään joukkoihinsa. Rikimaru kieltäytyy, ja hän sekä Ayame kohtaavat jokaisen heistä. Yksi Tenrain joukkojen jäsenistä on Onikage, joka palvelee häntä vain toteuttaakseen suunnitelmansa herättää henkiin Mei-Oh (hänen entinen mestarinsa) ja Tatsumaru (Azuma-ninjaklaanin entinen johtaja, jonka Tenrai herätti henkiin). Rikimaru ja Ayame seuraavat Tenraita hänen linnoitukseensa estääkseen häntä tuhoamasta maailmaa kahdesta jalokivestä saadulla voimalla. Jos he onnistuvat kukistamaan hänet, rauha palaa Gohdan maahan.