Yhteenveto
Nathan Drake jäljittää muinaisen ja salaisen espanjalaisen lahkon murhanhimoista polkua paljastaakseen 400 vuotta vanhan espanjalaisen retkikunnan joukkomurhan synkän salaisuuden. Hän jää keskelle kiistaa vanhan ystävänsä Jason Danten ja salaperäisesti kadonneen arkeologin tyttärentyttären, Marisa Chasen, välillä. Nathan Drake sukeltaa Keski-Amerikan petollisiin jokialueisiin, löytämättömiin temppeliraunioihin ja karstiluoliin etsiessään legendaarista kadonnutta kaupunkia, vain löytääkseen itsensä ajautuneena Kultaisen Kuilun reunalle.
Tarina
Golden Abyssin tapahtumat sijoittuvat aikaan ennen Uncharted: Drake's Fortunea. Seikkailija Nathan Drake liittyy vanhan ystävänsä Jason Danten seuraan Panamassa sijaitsevalle kaivauspaikalle, jota johtaa epäluuloinen Marisa Chase. Paikalla he löytävät myrkytettyjen espanjalaisten konkistadorien ruumiita ja hautamerkin, jossa on visigoottilainen symboli. Kun Dante joutuu lähtemään puhelun vuoksi, Marisa näyttää Drakelle amuletin, jonka hän on piilottanut Dantelta ja saanut perintönä isoisältään Vincent Pereziltä. He päättävät tehdä yhteistyötä. Nathan ja Marisa joutuvat Danten oikean kumppanin, sotapäällikkö Roberto Guerreron, hyökkäyksen kohteeksi ja kaapatuiksi, mutta onnistuvat pakenemaan. He menevät Perezin talolle, joka palkkasi Danten jatkamaan tutkimustaan saatuaan kuolemaan johtavan syöpädiagnoosin; Dante maksoi Guerrerolle pääsystä kaivauspaikalle vastineeksi osuudesta aarteesta, jonka Guerro aikoo käyttää konfliktinsa rahoittamiseen, kun taas Marisa meni sinne saadakseen perheensä työn päätökseen. He saavat selville, että merkki viittasi Sete Cidadesiin, muinaiseen kristilliseen lahkoon, joka oli omistautunut etsimään Seitsemää Kultakaupunkia. Veli Marcos de Niza, lahkon jäsen, oli ollut osa epäonnistunutta Francisco Vásquez de Coronadon johtamaa retkikuntaa etsimään Quiviran kaupunkia.