Yhteenveto
Taistele veljiesi rinnalla läpi New Yorkin viemäreiden, metrotunneleiden ja katujen pysäyttääksesi Silppurin ja Krangin pahamaineisen Foot by Foot -organisaation. Vapauta ainutlaatuiset taistelutaidot ja voimakkaat ryhmähyökkäykset pelastaaksesi Manhattan varjoissa kasvavilta pimeiltä voimilta.
Tarina
Yöllä TCRI-rakennuksen katolla Krang ja Shredder tapaavat pilvenpiirtäjän helikopterikentällä varmistaakseen, että kaikki on valmiina heidän liittoutumalleen, jonka päämäärä on vielä tuntematon. Shredderin eleestä satoja Foot Clan -sotilaita laskeutuu kaupunkiin, aloittaen valtavan rikosaallon, joka syöksee kaupungin kaaokseen. Kaukana katujen alla piilopaikassaan kilpikonnat keskustelevat rikosaallosta Splinterin ja April O'Neilin kanssa ja päättävät, että heidän on kunniavelvollisuus suojella kaupunkia, joten he lähtevät tekemään juuri sitä, vaikka Michelangelo onkin vielä kesken pizzansa, jonka hän tuntee myös "kunniavelvollisuudeksi" syödä loppuun.
Kattoja pitkin partioidessaan kilpikonnat huomaavat Foot-sotilaiden hiiviskelevän Purple Dragonsin alueella ja suuntaavat kaduille tutkimaan poikkeavuutta ja puhdistamaan alueen kilpailevista ninjoista. Estämällä Footin rikokset alueella he saavat tarpeeksi tietoa, jotta April voi päätellä Bebopin ryöstävän paikallista pankkia. He kohtaavat mutantin holvissa tuhoisin ninjaliikkein ja vielä pahemmin säästöpossuvitsein. Hävittyään Bebop murtautuu seinän läpi ja pakenee jättäen taakseen urheilulaukkunsa täynnä varastettua rahaa. Leonardo, Raphael ja Donatello ihmettelevät, miksi Bebop vaivautuisi ryöstämään paikan vain jättääkseen saaliinsa. Samaan aikaan Mikey yrittää hyödyntää salaa ottamaansa rahapinoa tilaamalla parituhatta pizzaa ja leipätikkua… tilaus, joka hänen on peruttava, koska muut kilpikonnat eivät selvästikään ole huvittuneita.
Tutkiessaan häiriintynyttä metroliikennettä kilpikonnat huomaavat, että järjestelmän kytkentälaatikoille on aiheutettu valtavasti vahinkoa, sulkien kokonaisia linjoja ja aiheuttaen tulevien törmäysten riskin. Romun määrä viittaa mahdollisesti mutanttivoimiin yksinkertaisten ninjaseppeleiden sijaan. He löytävät läheisen aseman, joka on jo suljettu ja jossa ei ole vain Foot-ninjoja, vaan myös Dimension X:stä peräisin olevia Rock Soldiers -sotilaita. Suoritettuaan tarpeeksi tehtäviä he saavat tiedot, jotka tarvitaan laserverkon sulkemiseen ja aktiiviselle linjalle pääsemiseen, missä heidän on kohdattava Mousersin aaltoja sekä suurempia Rock Soldiers -sotilaita sulkeakseen sarjan pommeja ja viimeisen laserverkon ennen etenemistä yhteenottoon Rocksteadyn kanssa hylätyllä asemalla. Vaikka he voittavat, sarvikuono lupaa kilpikonnille, että tähänastinen sekasorto on "vasta alkua", käyttäen lähestyvää metrojunaa kadotakseen varjoihin.