Yhteenveto
Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project on sivulta kuvattu beat 'em up -peli. Pelin mekaniikka muistuttaa edellistä peliä, Teenage Mutant Ninja Turtles II: The Arcade Gamea, mutta tämä on NES:lle alkuperäisesti kehitetty peli, eikä sillä ole aiempaa arcade-versiota.
Tarina
Peli alkaa, kun Turtlesit viettävät lomaansa Key Westissä, Floridassa. Heidän katsellessaan April O'Neilin viimeisintä uutislähetystä, lähetys keskeytyy äkisti, kun Turtlesien vihollinen, Silppuri, kaappaa sen. Ottaen Aprilin panttivangikseen, Silppuri paljastaa, että hän on myös muuttanut koko Manhattanin kaupunginosan kelluvaksi saareksi ja haastaa Turtlesit tulemaan piilopaikkaansa estääkseen hänet.