Yhteenveto
TMNT3 keskittyy enemmän yhteistyöhön, hahmojen kehitykseen ja hallintaan kuin mikään muu Turtles-konsolipeli tähän mennessä. Pelaajat voivat pelata suosikki-Turtles-hahmonaan yksin tai jopa kolmen ystävän kanssa, keräten kokemuspisteitä matkalla taistellessaan Foot-ninjoja ja voimakkaita, tunnettuja TMNT-universumin pomoja vastaan. Nämä kokemuspisteet antavat pelaajille mahdollisuuden parantaa ja kehittää Turtlesien ominaisuuksia ja kykyjä, mikä mahdollistaa monipuolisemmat ja voimakkaammat hyökkäykset ja liikkeet. Ninja Scroll -järjestelmä on toinen uusi ominaisuus TMNT3:ssa. Mahdollisuus valita, mitä ninja-kääröjä käyttää, sallii Turtlesien hyödyntää erilaisia erikoiskykyjä strategisesti. Yhteistyöpelaaminen on TMNT3:n ydin ja pelaajat, jotka yhdistävät voimansa ystäviensä kanssa moninpelissä, palkitaan eksklusiivisilla ominaisuuksilla, kuten Cooperative Attack, joka aiheuttaa entistä enemmän tuhoa vihollisille. Tämän hyökkäyksen vaikutus muuttuu sen mukaan, kuinka monta pelaajaa toimii yhdessä (2-4 pelaajaa). Parempaa hallintaa varten TMNT3:ssa on uusi taistelujärjestelmä nimeltä Target Attack -järjestelmä, joka antaa pelaajille mahdollisuuden pelata vaistonvaraisemmin ja strategisemmin. Target Attack -järjestelmän avulla pelaajat voivat lukittautua tiettyihin vihollisiin ja estää, väistää tai vastahyökätä tarpeen mukaan, mikä tekee taistelusta sujuvampaa ja ketterämpää. Tarinatilaa voi pelata 1-4 pelaajalla. Vaikka pelaajia olisi alle neljä, muut Turtlesit ovat rinnallasi tekoälyn ohjaamina. Kaikki Turtlesit voivat osallistua Cooperative Attackiin vihollisten voittamiseksi ja pelaajat voivat antaa komentoja tekoälylle.
Tarina
Jaksossa 1 kilpikonnat pelastavat vanhuksen New Yorkissa sadistisilta Triceratoneilta. Tuhottuaan kolme Triceraton-armeijaa kuljettavaa alusta, kilpikonnat menevät maan alle päästäkseen Central Parkiin pelastamaan ystävänsä Caseyn ja Aprilin. Puistossa Leo, Raph, Mikey ja Don puolustautuvat Triceratoneja vastaan, ja professori Honeycutt, joka tunnetaan myös Fugitoidina pelastaen TMNT 2 Battle Nexus -pelistä, auttaa kilpikonnia löytämään Caseyn ja April O'Neilin vangitsemispaikan. Murtautuen Triceratonien tukikohtaan, Triceratonien ylipäällikkö Zaranmon aktivoi robotin estääkseen kilpikonnia ja Traximusta. Zaranmonin yritys epäonnistuu, ja Traximus tuhoaa tuolin muuttaakseen heidän klaaniaan.
Jaksossa 2 kilpikonnat huomaavat Baxter Stockmanin kehittämää uutta teknologiaa, kun Mouserit tunkeutuvat viemäriin aiheuttaen mestari Splinterille kovaa korvakipua. Suojellessaan senseiään ninjakilpikonnat taistelevat Mouserien kanssa pysyen hänen lähellään. Kuitenkin mestari Splinter päätyy vangituksi, ja kilpikonnat käyttävät ilmatyynyalusta ajaakseen takaa liikkuvaa pakettiautoa. Heidät pian pysäyttää pitkä ja pieni vihollispari väijytykseen. Päästyään ohi he jatkavat pelastusoperaatiotaan mestari Splinterin puolesta taistellen lopulta Bishopia vastaan ja heittäen tähtiä murtamaan lukon vapauttaakseen hänet.
Jaksossa 3 kilpikonnat kohtaavat kaikki Foot Clanin jäsenet tehtäviensä aikana. Hun, Karai ja Oroku Saki, Shredderin ihmisidentiteetti, kaatuvat kaikki kilpikonnien edessä. Kohti lopputaistelua Sakia vastaan, hänet päivitetään Mega Shredderiksi. Ninjakilpikonnat voittavat hänet ja heidät kutsutaan Utrom-neuvoston eteen oikeudenkäyntiin. Scherel, Utrom, joka hallitsee Shredderin kehoa, tuomitaan petollisista rikoksista ja karkotetaan jäiselle planeetalle, kun taas Karai ja muut luovutetaan viranomaisille pelin päättyessä.
Painajaisluvussa jokaisella kilpikonnalla on uni, jossa he kohtaavat erilaisia pomoja. Suurimman osan tämän luvun tehtävistä selvittämällä päästään pelin viimeiseen pomoon, Ultimate Drakoon. Käyttääkseen gembu-kääröjä aktivoidakseen Ultimate Turtle -muodot, pelaajan on kerättävä kääröjä ja muuta sisältöä Vapaa taistelu -tilassa.