Yhteenveto
Peli sijoittuu vuosi Tales of Xillian tapahtumien jälkeen. Elle Mel Marta saa isältään tarkat ohjeet nousta junaan ja etsiä Canaanin maa. Ennen junan lähtöä se kaapataan, ja Ludger Will Kresnik nousee junaan pelastaakseen Ellen. Juna suistuu raiteiltaan, ja molemmat saavat henkensä pelastavan hoidon Clanspia Inc:ltä, mikä asettaa Ludgerin velkaan. Clanspia Inc. palkkaa Ludgerin aikomuksenaan käyttää hänen Kresnik-voimiaan tuhoamaan vaihtoehtoisia aikajanoja, sillä henki nimeltä Origin ei enää pysty ylläpitämään maailmojen sielujen runsautta. Maksaessaan velkaa Ludger etsii myös veljeään, Julius Will Kresnikia, jota syytetään junan kaappauksesta.