Yhteenveto
Peli alkaa tapahtumilla, jotka liittyvät Knucklesin sieppaukseen ja Chaos Emeralds -kivien katoamiseen tohtori Eggmanin kukistamisen jälkeen. Sen jälkeen seurataan hahmojen matkaa kahdessa ulottuvuudessa, kun he kohtaavat uuden liittolaisen, Shade the Echidnan, ja yrittävät estää Ix:n, Shaden heimon Nocturnuksen johtajan, hyökkäyksen heidän maailmaansa.