Yhteenveto
Sonic on palannut, ja tällä kertaa hän tarvitsee kaikkien ystäviensä apua voittaakseen pahantahtoisen tohtori Eggmanin. Pelissä Sonic Advance 3 Sonic ja Tails yhdistävät voimansa ystäviensä Creamin, Knucklesin ja Amyn kanssa. Voit valita tiimiisi minkä tahansa viidestä hahmosta saadaksesi erikoishyökkäyksiä: Sonic lisää nopeuttasi, Tails parantaa hyppyvoimaasi, Knuckles vahvistaa hyökkäysvoimaasi, Amy tarjoaa Piko Piko -vasarahyökkäyksen ja Cream mahdollistaa kohdistetut hyökkäykset. Game Boy Advance -linkin avulla sinä ja kolme ystävääsi voitte taistella toisiaan vastaan moninpelitiloissa.
Tarina
Ennen pelin tapahtumia Tohtori Eggman rakentaa robottiassistentin nimeltä Gemerl, käyttäen osia robotista nimeltä Emerl, joka tuhoutui Sonic Battle -pelissä. Eggman yrittää suorittaa kokeen käyttämällä Chaos Emeraldseja Chaos Control -tekniikan suorittamiseen, mutta koe epäonnistuu ja repii maailman palasiksi. Tämä erottaa Sonicin ja Tailsin Amyistä, Knucklesista ja Creamista, jotka Eggman löytää ja vangitsee, aikomuksenaan luoda osa tulevasta imperiumistaan jokaiselle planeetan palaselle. Sonic ja Tails matkustavat pelin seitsemän tason läpi palauttaakseen ystävänsä ja saadakseen Emeralds-kivet takaisin.
Viimeinen pomotaistelu käydään Altar Emerald -temppelissä. Jos pelaaja voittaa Eggmanin siellä ilman kaikkia seitsemää Chaos Emeraldsia, Eggman ja Gemerl pakenevat ja putoavat temppelin reunalta. Maailmaan palautuu rauha, ja Omochao nappaa kuvan viidestä sankarista. Kuitenkin peli muistuttaa pelaajaa, että Emeralds-kivet on edelleen kerättävä todellisen lopun saavuttamiseksi. Jos pelaaja voittaa Eggmanin temppelissä kaikkien Chaos Emeraldsien kanssa, Gemerl lakkaa pakenemasta Eggmanin kanssa ja hyökkää Sonicin kimppuun, mikä saa Emeralds-kivet sinkoilemaan. Gemerl käyttää niitä muuttuakseen suureksi, pallomaiseksi hahmoksi, mutta Sonic käyttää niiden voimaa muuttuen Super Soniciksi. Eggmanin avustuksella Super Sonic tuhoaa Gemerlin. Myöhemmin Tails löytää Gemerlin rikkoutuneen kehon rannalta ja korjaa sekä ohjelmoi sen uudelleen. Peli päättyy, kun Cream leikkii nyt ei-aggressiivisen Gemerlin kanssa äitinsä Vanillan talossa.