Yhteenveto
Silent Bomber on vanhan koulukunnan tyylinen peli, joka sijoittuu tulevaisuuteen. Pelaat hahmolla nimeltä Jutah Fate, joka on hallituksen luoma geneettisesti muunneltu mies. Olet pommien käytön asiantuntija. Aluksi voit asettaa vain muutaman pommin kerrallaan, mutta keräämällä E-Chipejä voit lopulta lisätä pommien määrää. Peli on nopeatahtinen, ja tarkoituksena on räjäyttää kohteet ennen kuin ne räjäyttävät sinut.
Tarina
Peli alkaa, kun Jutah Fate, sotarikollinen, kutsutaan kotiplaneettansa Hornetin salaiseen sotilasoperaatioon. Seitsemän vuotta aiemmin hänelle annettiin käsky tuhota vihollisen tukikohta, mutta hän huomasi siellä olevan siviilejä. Käskyjen noudattamisen aiheuttaman trauman vuoksi hän on suurelta osin tunteeton. Tehtävänä on tuhota avaruusristeilijä nimeltä Dante, joka uhkaa planeettaa. Mukana tehtävässä ovat myös poliittinen rikollinen Benoit Manderubrot, vakooja Micino Tifone ja pakotaiteilija sekä sorretun heimon jäsen John Loss. Operaatiota johtaa Annri Ohara.
Saapuessaan Dantelle heidän aluksensa ammutaan alas Danten ilmatorjunta-aseilla. Kaikki laskeutuvat risteilijälle vahingoittumattomina, mutta Jutah joutuu eroon muusta ryhmästä. Pelin edetessä ja Jutahin saadessa käskyjä tuhota Danten eri osia, Jutah ja Annri alkavat kehittää tunteita toisiaan kohtaan.
Lopulta Jutah pääsee Danten komentosillalle ja huomaa, että miehistön on tappanut aluksen omat puolustusjärjestelmät. Benoitin hologrammi ilmestyy ja paljastaa, että hän tappoi miehistön ja on ottanut aluksen hallintaansa ja aikoo edelleen tuhota Hornetin. Kun Jutah kieltäytyy liittymästä Benoitin joukkoon, Benoit yrittää tappaa Jutahin heittämällä hänet avaruuteen. Hänet pelastaa hänen oma ryhmänsä, kun Benoit sulkee Danten.
Jutah murtautuu takaisin alukseen ja tuhoaa Danten voimakkaan tykin ajoissa pelastaakseen Hornetin. Tykki tuhottuaan Jutah löytää Benoitin aluksen ytimestä ja huomaa, että Benoit on yhdistänyt itsensä Danten tekoälyyn. Viimeisen taistelun jälkeen Benoit aktivoi Danten itsetuhomekanismin. Jutah yrittää palata alukselleen, mutta hänen tiensä on tukossa, mikä pakottaa muut lähtemään ilman häntä. Peli päättyy, kun Jutah vierailee Annrin luona tämän kotona kolme vuotta myöhemmin.