Yhteenveto
Pelissä on viisi tehtävää, joista jokainen koostuu kolmesta tai neljästä tasosta. Jokaisessa tasossa on useita panttivankeja, jotka Joen on pelastettava ennen kuin hän voi suorittaa tason loppuun. Jokaisen tehtävän viimeisessä tasossa ei ole panttivankeja, vaan siellä on sen sijaan voimakas pomohahmo, jonka Joe joutuu kukistamaan. Kun pelaaja on suorittanut neljä ensimmäistä tehtävää, hän pääsee bonusvaiheeseen, jossa voi ansaita lisäelämän, jos onnistuu tappamaan kaikki häntä kohti hyppivät ninjat. Viidennen tehtävän suorittaminen päättää pelin. Kun viides tehtävä alkaa, jatkoja ei enää sallita; pelaajan on suoritettava peli niillä elämillä, jotka hänellä on jäljellä. Jos pelaaja pääsee pistetaulukkoon, hänen pisteidensä ohella näytetään, kuinka monta krediittiä hän tarvitsi kyseisten pisteiden saavuttamiseen.
Joen perusaseet ovat rajaton määrä shurikeneja sekä lyönnit ja potkut lähitaisteluissa. Yksi panttivanki per taso antaa hänelle tehosteen. Tehostettuna hänen heittotähtensä vaihtuvat aseeseen, joka ampuu suuria, räjähtäviä luoteja, ja hänen lähitaisteluiskunsa muuttuu katanan viiltoksi. Joe voi myös käyttää "ninjamagiaa", jota voi käyttää vain kerran per taso ja se tappaa (tai vahingoittaa, pomojen tapauksessa) kaikki viholliset näytöllä. Pelissä viholliset voivat myös piiloutua laatikoiden taakse tai käyttää kilpiä torjuakseen Musashin shurikenit.
Joe voi kuolla yhdestä osumasta, jos hän saa osuman projektiileista tai lähitaisteluiskusta, mutta jos hän ei joudu näihin tilanteisiin, pelaaja voi koskea tavallisiin vihollisiin ja vain työntyä taaksepäin ilman vahinkoa. Koska suurin osa vihollisista ilmestyy samoihin paikkoihin jokaisessa tasossa, pelin voi hallita opettelemalla ulkoa vihollisten sijainnit ja kehittämällä strategioita niiden kukistamiseksi.
Jokaisen tason lopussa pelaaja saa pistebonuksia suorituksen perusteella. Tason suorittaminen ilman ninjamagian käyttöä tai ilman heittotähtien tai luotien käyttöä tuo pelaajalle lisäpisteitä. Pelaajalla on kolme minuuttia aikaa suorittaa jokainen taso; jäljellä oleva aika tason lopussa muunnetaan myös lisäpisteiksi ja lisätään pelaajan pisteisiin.
Tarina
Pelaaja ohjaa ninja nimeltä Joe Musashi, jonka tehtävänä on pysäyttää rikollisjärjestö "Zeed". Zeed on sieppaamassa hänen ninjaklaaninsa lapsia. Musashi etenee viiden tehtävän läpi (ensimmäinen tehtävä koostuu kolmesta vaiheesta ja loput neljästä vaiheesta) Zeedin päämajaan ja vapauttaa kaikki panttivangit kahdessa tai kolmessa ensimmäisessä vaiheessa ennen kuin kohtaa pomon kunkin tehtävän viimeisessä vaiheessa. Kunkin tehtävän alussa pelaajalle näytetään heidän tehtävänsä tavoite, jonka jälkeen tulee tiedosto, joka sisältää vihollispomon valokuvan ja kartan, joka osoittaa seuraavan vaiheen sijainnin.