Yhteenveto
S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat -pelin tapahtumat sijoittuvat pian S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl -pelin loppumisen jälkeen. Saatuaan tietää avoimesta reitistä Vyöhykkeen keskelle, hallitus päättää toteuttaa laajamittaisen "Meriväylä"-operaation, jonka tavoitteena on ottaa Tšernobylin ydinvoimala hallintaansa.
Operaation suunnitelman mukaan ensimmäisen sotilasryhmän on tarkoitus suorittaa alueen ilmatiedustelu, jotta voitaisiin kartoittaa tarkasti anomaalisten kenttien sijainnit. Tämän jälkeen karttojen avulla lähetetään pääasialliset sotilasjoukot. Huolellisista valmisteluista huolimatta operaatio epäonnistuu. Useimmat etujoukon helikoptereista syöksyvät maahan. Selvittääkseen operaation epäonnistumisen syyt, Ukrainan turvallisuuspalvelu lähettää agenttinsa Vyöhykkeen keskelle.
Tästä eteenpäin kaikki on sinusta kiinni.