Yhteenveto
Intensiivistä kolmannen persoonan toimintaa Nu Earthin taistelukentillä – myrkytetyllä planeetalla, jossa loputtomalta tuntuva sota riehuu Nortsien ja Southerien välillä. Turha taistelu vihamielisellä planeetalla, jolla ei näy selvää loppua!
Mutta on olemassa kertomuksia yksinäisestä soturista. Miehestä, joka voi ilmestyä tyhjästä ja tuhota kokonaisia osastoja, sitten kadota takaisin varjoihin, joihin hän kuuluu. Miehestä, joka ei ole uskollinen muille kuin omalle tehtävälleen ja on päättänyt kostaa. Hän on täydellinen sotilas, viimeinen eloonjäänyt teurastetuista Geneettisistä Jalkaväkimiehistä…
…Rogue Trooper!
Tarina
Tarina sijoittuu planeetalle nimeltä Nu-Earth, joka on kahden auringon ja mustan aukon gravitaatiovoimien vallassa (mustaa aukkoa käyttävät Southerit siirtyäkseen avaruusasemaansa korkeaan komentoon). Planeetalla käydään jatkuvaa sotaa Nortien ja Southerien välillä, ja sodassa on kuollut miljoonia. Sodan aikana on käytetty kaikkia kemiallisia ja biologisia aseita, mikä on myrkyttänyt planeetan. Molempien osapuolten joukot joutuvat elämään suljetuissa kaupungeissa ja voivat liikkua ulkona vain suojavarustuksessa, jota kutsutaan "bio-puvuksi". Southerit ovat geneettisen muokkauksen avulla (jota tekevät niin sanotut "geeni-velhot") kehittäneet soturirodun, joka on immuuni tappavalle ilmakehälle ja näin ollen parempia sotilaita, nimeltään Geneettinen Jalkaväki. Kaikki G.I:t on tehty immuuneiksi kaikille myrkyille, taudeille ja hapoille (yhtä lukuun ottamatta). Souther High Command lähettää salaisen aseensa ilmahyökkäykseen, mutta petturi on paljastanut G.I:den salaisuuden Norteille, ja heidät teurastetaan maahanlaskun aikana. Tätä kutsutaan Quartz Zonen verilöylyksi.
Rogue, ilmeisesti ainoa eloonjäänyt G.I. (kunnes hän tapaa Venus Bluegenesin), lähtee omille teilleen jäljittämään vastuussa olevaa Petturikenraalia ja kostamaan muille G.I:lle. Matkan varrella hän estää lukuisia Nortien juonia ja tuhoaa joitakin Nort-maan korkeimmista henkilöistä, kuten suuramiraali Hoffan ja kersantti-kapteeni Natashovin.
Kaikilla G.I:llä on bio-siru, joka on istutettu kallon sisään ja sisältää heidän persoonallisuutensa, muistonsa ja tietoisuutensa. Kun G.I. kuolee, hänen bio-sirunsa voidaan asettaa toisen G.I:n varusteeseen tai aseeseen, jolloin hän voi hallita sitä. Bio-siru voidaan myöhemmin sijoittaa uuteen kehoon, mikä mahdollistaa kaatuneen G.I:n uudelleensyntymisen. Yksi lainaus kuuluu: "olemme geneettistä jalkaväkeä – edes kuolleina emme pääse pakoon sodasta."