Yhteenveto
Prototype on ensimmäinen kahdesta pelistä, joissa käyttäjä voi ohjata Alex Merceriä, joka taistelee pysäyttääkseen BLACKLIGHT-nimisen virusepidemian Manhattanilla. Alex on itsekin saanut tartunnan viruksesta, joka on antanut hänelle erityisiä, mutanttikykyjä, jotka kehittyvät ajan myötä ja auttavat häntä viruksen pysäyttämisessä.
Tarina
Peli seuraa Alexander J. Merceriä (äänenä Barry Pepper), joka herää ruumishuoneella Gentekin, Manhattanilla sijaitsevan geenitekniikkayrityksen, kellarissa, mikä säikäyttää kaksi ruumiinavausta valmistellutta tiedemiestä pakoon. Alex pakenee ja näkee tiedemiesten joutuvan sotilasoperaatioiden ampumiksi. Alex paljastuu ja häntä vastaan hyökätään. Hän selviää rintakehään ammutuista luodeista ja hyppää turvaan muurin yli. Pian hän huomaa omaavansa voimakkaita muodonmuutoskykyjä, yli-inhimillistä voimaa, nopeutta, ketteryyttä, kestävyyttä, aisteja, sitkeyttä, aseistusta ja kyvyn "kuluttaa" ihmisiä saadakseen heidän muistonsa, taitonsa ja ulkonäkönsä. Ilman muistia entisestä elämästään Alex päättää löytää ja kuluttaa salaliittoon liittyviä henkilöitä selvittääkseen totuuden. Matkansa aikana Alex kohtaa kaksi ryhmittymää: Yhdysvaltain merijalkaväen ja Blackwatchin, Fort Detrickin erikoisjoukon, joka on omistautunut biologisen sodankäynnin torjumiseen, sekä tartunnan saaneet, viruksen nimeltä BLACKLIGHT luomat hirviöt, jotka valtaavat Manhattania. Kapteeni Robert Cross (äänenä Jeffrey Pierce), Blackwatchin upseeri, saa käskyn löytää ja ottaa Alex kiinni.
Alex ottaa yhteyttä sisareensa, Danaan (äänenä Lake Bell), joka auttaa häntä jäljittämään kohteita, mikä johtaa Gentekin päämajan soluttautumiseen. Hän löytää nuoren naisen nimeltä Elizabeth Greene, joka on vangittuna rakennuksessa. Greene on BLACKLIGHTin isäntä ja pakonsa myötä vapauttaa sen Manhattanille. Dana ohjaa Alexin Karen Parkerin, hänen entisen tyttöystävänsä, luo. Karen suostuu auttamaan häntä viruksen pysäyttämisessä, mutta vaatii Alexia tuomaan takaisin näytteitä viruksesta. Karen johdattaa Alexin myöhemmin ansaan, jossa hän kohtaa Crossin. Taistelun aikana Alex melkein voittaa Crossin, kun Cross mainitsee 'Penn Stationin', mikä laukaisee takauman, joka saa Alexin hämmentymään. Alexiin ruiskutetaan loinen, joka uhkaa tappaa hänet. Alex hakee apua Dr. Raglandilta, patologistilta, jolla on yhteyksiä Gentekiin. Ragland auttaa Alexia poistamaan loisen ja muuttamaan sen aseeksi Greeneä vastaan. Greene kuitenkin hylkää loisen heti, ja hylätty biomassa muodostaa hirviömäisen olennon, Ylimmän Metsästäjän, jonka Alex tappaa.
Viruksen ja Elizabeth Greenen alkuperä paljastuu yhteyshenkilön kautta: vuonna 1969 hallitus testasi viruksen edeltäjää Hopessa, Idahossa, suunniteltuna kohdistumaan tiettyihin rotuihin. Virus mutatoitui paljon tappavammaksi, ja koko väestö sai tartunnan. Elizabeth Greene oli ainoa selviytyjä; hänen kehonsa biologinen poikkeavuus hyväksyi viruksen, kirjoittaen hänen ja hänen syntymättömän poikansa, koodinimeltään PARIAH, geneettisen koodin uudelleen. Hope, Idahon, jäljelle jäänyt väestö tuhottiin Blackwatchin toimesta. Greene ja PARIAH pidettiin vangittuina jatkotutkimuksia varten.
Alex selvittää oman menneisyytensä: Blackwatch lakkautti Gentekin projektin tietovuotojen vuoksi ja määräsi kaikki projektin henkilöt eliminoitaviksi. Alex Mercer otti BLACKLIGHT-näytteen "vakuutukseksi". Lopulta hänet saatiin kiinni Blackwatchin toimesta Penn Stationilla. Alex, viimeisenä epätoivon ja koston tekonaan, mursi BLACKLIGHTia sisältävän pullon, vapauttaen viruksen ennen kuin hänet ammuttiin. Virus pääsi Mercerin elimistöön luotien tekemien reikien kautta ja korjasi hänen kehonsa solutasolla.
Yhteyshenkilö ja Alex pumppaavat uuden "BLOODTOX" biologisen aineen maanalaisiin järjestelmiin pakottaakseen viruksen maan pinnalle, missä sitä voidaan taistella suoraan, mikä saa Greenen nousemaan esiin valtavan hirviön sisällä. Greene putoaa hirviöstä ihmismuodossa, kun hänet on voitettu, ja Alex kuluttaa hänet. Hänen muistojensa kautta käy ilmi, että Blackwatchin johtaja, kenraali Randall, on valmis tuhoamaan Manhattanin ydinaseella. Yhteyshenkilö, joka paljastuu Crossiksi. Alex, kapteenin avustuksella, soluttautuu USS Ronald Reganiin estääkseen Randallin. Kun Alex kuluttaa Randallin, Cross paljastuu Ylimmäksi Metsästäjäksi, joka oli ottanut Crossin identiteetin kulutettuaan hänet, ja hyökkää Alexin kimppuun, väittäen, että kun Blackwatch lähtee NYZ:stä, he eivät enää etsi tartunnan saaneita, ja että kulutettuaan Alexin hän olisi tarpeeksi vahva selvitäkseen ydintuhoiskusta. Alex voittaa Ylimmän Metsästäjän ja vie aseen helikopterilla Atlantin valtamerelle, jossa se räjähtää ja osuu häneen. Hänen jäänteensä ajautuvat takaisin kaupunkiin ja elpyvät kuluttamalla korpin.
Lopputekstien aikana paljastuu, että yleisö uskoo armeijan pysäyttäneen tartunnan; Yhdysvaltain senaattori kuullaan kertovan medialle, että Manhattanin tapahtumat olivat ydinterrorismin ja biologisen terrorismin tapaus, ja lupaa kostoa vastuullisille. Alex, pohdiskellen tapahtumia ja totuutta, jonka hän itsestään löysi, väittää "tulleensa joksikin vähemmän kuin ihminen, mutta myös joksikin enemmän". Lopputekstien jälkeen Manhattanin näytetään hiljalleen toipuvan, virus on melkein kokonaan hävitetty. Alex, seisten Times Squaren Reuters-rakennuksen katolla, toteaa työnsä olevan melkein valmis.