Yhteenveto
Kaksi vuotta sitten joukko nuoria teini-ikäisiä jäi loukkuun kouluunsa. He kokivat elämänsä pisimmän yön, jota piinasivat kammottavat olennot, jotka heidän rehtorinsa oli luonut. Jotkut heistä selvisivät tuosta kauheasta yöstä, kun taas toiset menehtyivät. Nyt eloonjääneet ovat korjanneet elämänsä palaset ja lähteneet yliopistoon.
Mutta kaikki ei ole hyvin Fallcreekin yliopistossa: kampuksella alkaa yhtäkkiä ilmestyä outoja kukkia, jotka sisältävät vaarallista ainetta, joka aiheuttaa outoja mutta eläviä unia. Muutama opiskelija saa selville, että kukat ovat paljon vaarallisempia kuin miltä vaikuttavat. Kun siemenet lopulta itävät, painajaiset muuttuvat yhtäkkiä karmivaksi todellisuudeksi…
Tarina
Tarina sijoittuu kaksi vuotta "Leafmore-tapauksen" (ensimmäisen Obscure-pelin tapahtumat) jälkeen; Leafmore-tapaus on jollain tavalla peitelty. Shannon ja Kenny ovat nyt kirjoilla läheisessä Fallcreekin yliopistossa, kun taas Stan yrittää parantaa elämänsä laatua työskentelemällä jakeluautonkuljettajana. Stan ja Kenny joutuvat ottamaan lääkkeitä estääkseen kasvin vaikutuksia kehoonsa, kun taas Shannon on pystynyt sopeutumaan muutoksiin.
Tarina alkaa, kun outo kukasta valmistettu uusi huume leviää nopeasti yliopiston väestön keskuudessa. Pian pieni joukko opiskelijoita, mukaan lukien Leafmore Highin selviytyjät, joutuu kohtaamaan mutanttien lauman ja yrittää pysyä hengissä.
Itiöt leviävät koko kaupunkiin ja myöhemmin koko maahan. Epidemia alkaa ΔΘГ-veljeskunnan juhlissa. Amy ja Kenny saapuvat paikalle ensimmäisinä, ja huomaavat paikan olevan infektoitunut. Opiskelijat tapaavat sitten tiedemiehen, Richard Jamesin, joka on yliopiston biologian opettaja ja auttaa pelaajaa useaan otteeseen. Jonkin ajan kuluttua ryhmään liittyvät Corey ja Mei, jotka yrittävät paeta.
Ulkopuolella Sven on jäädä jonkun ajaman Coreyn auton alle, joten Corey ja Amy lähtevät takaa-ajoon metsään. Samaan aikaan Mei saa puhelun kaksoissiskoltaan Junilta ja lähtee Svenin kanssa pelastamaan häntä, mutta epäonnistuu, kun Jun kuolee hirviön käsissä.
Kaksikko löytää Coreyn auton, mutta sen omistaja suuttuu ja yhdessä Amyn kanssa he tappavat nyt mutatoituneen varkaan. Jonkin ajan kuluttua he huomaavat epämuodostuneen miehen, taistelevat uusia hirviöitä (Harpioita) vastaan ja kävelevät metsän läpi päätyen lopulta Fallcreekin yliopistolliseen sairaalaan, missä he löytävät Shannonin ja hänen veljensä Kennyn, joka on pahasti sairas nuuskittuaan mustasta itiökukasta tehtyä huumetta. Hän ei löydä lääkettään ja muuttuu lopulta hirviöksi.
Koko ryhmä kokoontuu sairaalan itäiseen pohjakerrokseen, jossa he tekevät kemiallista dynamiittia tuhotakseen seinän ja päästäkseen parkkipaikalle. Sven ja Corey auttavat kaikkia pääsemään varastoon, mutta hirviöksi muuttunut Kenny yllättää heidät heittämällä Coreyn pylvääseen ja tappamalla Mein, mikä järkyttää Coreyta suuresti. Stan, joka oli vastannut Kennyn puheluun ennen tämän mutatoitumista, kohtaa selviytyneiden ryhmän ja ajaa heidät pois, kunnes hän ajaa ulos ja putoaa patoon. Shannon ja Stan tutkivat patoa ja koko ryhmä kokoontuu lopulta löytääkseen Amyn huoneen nurkasta.
Amy löydetään ja paljastuu, että tämä oli Kennyn toimien tulosta, joka vihjaa raiskanneensa hänet. Ryhmä pakenee, mutta Corey ja Shannon jäävät ja voittavat hänet pudottamalla hänet kuoppaan, johon kaatuu valtava metalliesine.
Pelin edetessä Stan ja Shannon lähenevät toisiaan. Kun he löytävät paikan, johon piiloutua, Amy ja Sven tutkivat ja heitä vastaan hyökkää moottorisahaa kantava epämuodostunut mies. Epämuodostunut mies taistelee Svenin kanssa antaakseen Amylle aikaa paeta.
Kun he löytävät Svenin keihästettynä lihakoukkuun hylätyssä talossa, Stan ja Shannon jahtaavat epämuodostunutta miestä, mikä johtaa ensimmäisestä pelistä tuttuun koulun raunioihin ja puuhun, jolla on valtavat liikkuvat oksat. Valtava puu oli itse asiassa Leonard Friedmanin (Obscuresta) mutatoituneet jäänteet, kun taas epämuodostunut mies on hänen poikansa, Jedidiah. Friedman oli injektoinut itseensä viruksen, joka mutatoi hänet ja joka siirtyi sitten Jedidiahille. Stan ja Corey tappavat Friedman-puun, kun taas Corey saa kostonsa Jedidiahista tappamalla tämän, kostoksi Svenin kuolemasta.
Kun kaksikko palaa, he löytävät Richardin ja ambulanssin, joka kuljettaa raskaana olevaa Amyä. Stan ja Corey saavat selville, että Delta Theta Gamma -veljeskunta ei ole vain tavallinen yliopistoveljeskunta, vaan muinainen ja voimakas järjestö, joka haluaa hyödyntää Mortifillan voimaa. Ambulanssi vie Stanin, Shannonin, Amyn ja Coreyn pois, mutta he ajavat ulos sillalle mentäessä itiöpilven läpi. Stan ja Shannon yrittävät selvittää, missä Richardin uusi noutopaikka on, ja yrittävät päästä sinne, kun taas Corey menee pelastamaan Amya. Matkalla he törmäävät Delta Theta Gamma -museoon Fallcreekissä ja saavat selville, että he ovat vastuussa Leafmore-tapauksen peittelystä ja osallistuvat Fredmanin kokeiluun Mortifillalla. He saavat myös tietää, että heidän ystävänsä Josh ja Ashley Leafmoresta oli tappanut Jedidiah tutkiessaan hylättyä taloa, jossa Jedidiah asuu.
Corey saapuu ensimmäisenä nähdäkseen Richardin lähtevän helikopterilla Amyn kanssa. Mutta matka keskeytyy Kennyn, joka on yhä hengissä ja entistä voimakkaampi. Corey päättää taistella Kennyä vastaan, mutta taistelu ei kestä kauan, sillä Kenny onnistuu tartuttamaan Coreyyn.
Kun Shannon ja Stan saapuvat uuteen määränpäähän, he näkevät Coreyn, juuri ennen kuin tämä on tartunnan saanut, polvillaan. Hän sanoo, että Mei oli ainoa, josta hän välitti, ja tekee sitten itsemurhan. Stan ja Shannon tappavat Kennyn murskaamalla hänet valtavalla valonheittimien alustalla jalkapallokentällä.
Kun Kenny makaa kuolemassa alustan alla, hän pyytää Shannonia huolehtimaan hänen lapsestaan, mutta Shannon vannoo, ettei anna sen elää. Helikopteri, jossa ovat Amy ja Richard, täyttyy itiöpilvellä ennen kuin se räjähtää. Stan kysyy Shannonilta, mitä tehdä seuraavaksi; hän vastaa, että aikoo jatkaa eteenpäin ja katkaista kaikki perhesiteet sekä pysäyttää Delta Theta Gamma -järjestön.