Yhteenveto
Tarina seuraa Goemonin kamppailua estääkseen Peach Mountain Shoguns -jengin aikeet muuttaa Japani länsimaistuneeksi hieno- taideteatteriksi. Juoni sisältää kolme elokuvallista musikaalinumeroa ja taisteluita jättiläisrobottien välillä; kuten muissakin Ganbare Goemon -peleissä, mukana on surrealistista huumoria ja anakronismeja.
Mystical Ninja -pelin päähenkilö on Goemon, kuumaverinen kiserua käyttävä ninja, jolla on siniset, pörröiset hiukset ja joka perustuu löyhästi legendaariseen varas Ishikawa Goemoniin. Oedon herra pyytää häntä etsimään ne, jotka vahingoittivat Oedo-linnaa. Goemon asuu Oedo-kaupungissa ja on ystävä Ebisumarun kanssa, joka on omituinen, ahmatti ja ylipainoinen mies, joka käyttää sinistä bandanaa. Ebisumaru kuvataan laiskana ja kieroutuneena. Heidän ystävänsä Sasuke, joka heittää kunaita, on mekaaninen ninja (valmistettu Igan Viisaan Miehen toimesta), joka nauttii kuumista kylvyistä ja japanilaisesta teestä. Sankarijoukkoon liittyy Yae, peloton miekkaa käyttävä kunoichi, joka sattumalta kohtaa Goemonin ryhmän Zazen-kaupungissa. Pelin pahikset ovat Peach Mountain Shoguns -järjestöstä ja koostuvat neljän "kummajaisen" jengistä, jota johtavat Spring Breeze Dancin' (Danshin Harukaze) ja Kitty Lily (Margaret Ranko). He aikovat muuttaa Japanin näyttämöksi omille kyvyilleen.