Yhteenveto
Tämä on Mega Man Zero -toimintaseikkailusarjan kolmas osa Game Boy Advancelle. Uuden muokkausjärjestelmän ansiosta voit nyt varustaa Zeron yhdistelmällä siruja, jotka vaikuttavat sekä hänen ominaisuuksiinsa että kykyihinsä, mikä mahdollistaa sopeutumisen erilaisiin haasteisiin. Muiden uusien taitojensa joukossa Zerolla on nyt ase nimeltä recoil rod, jonka avulla hän voi hypätä kaksinkertaisella korkeudella. Nämä uudet taidot antavat sankarillemme mahdollisuuden marssia Arcadiaan voittamaan yksinään pahaa Omegaa… Vai antavatko sittenkään?
Tarina
Cielin vastarinnan avulla hän kukisti Neo Arcadian hallitsijan, Copy X:n. Neo Arcadian hallinnon terrori päättyi, mutta energiakriisi pysyi jatkuvana ongelmana. Ciel omistautui tutkimaan uusia energiamuotoja. Elpizo nimitettiin vastarinnan uudeksi johtajaksi. Kuitenkin, vallanhimonsa sokaisemana, Elpizo herätti Pimeän Keijun, jonka taikuus oli kerran melkein tuhonnut maailman. Janoten Pimeän Keijun voimaa Elpizo menetti todellisen velvollisuutensa näkökentästä ja lopulta hävisi kiihkeän taistelun jälkeen. Pimeä Keiju kuitenkin pakeni, määränpäänään tuntematon… Taistelu Pimeästä Keijusta oli vasta alkanut.
Kaksi kuukautta Mega Man Zero 2:n tapahtumien jälkeen, avaruusalus, joka oli äskettäin syöksynyt alas, lähettää energiaa, joka muistuttaa Pimeän Keijun energiaa. Zero, Ciel ja kaksi vastarinnan jäsentä lähtevät tutkimaan asiaa. Tehtävän alussa Ciel ja kaksi vastarinnan jäsentä jäävät Neo Arcadian vangiksi Zeron tunkeutuessa alukseen. Heitä ei kuitenkaan vahingoiteta eikä pidetä vankeina, koska tapahtuu välikohtaus, johon liittyy jättimäinen Reploid nimeltä Omega, johon edes Leviathan ja Fefnir yhdessä eivät pysty. Zero keskeyttää taistelun ja jää hoitamaan asiat yksin. Pian tämän jälkeen Dr. Weil esitellään, mukanaan ilmeisesti ylösnoussut Copy X, joka sitten ottaa Neo Arcadian johtoaseman takaisin, mikä ärsyttää Harpuiaa suuresti.