Yhteenveto
Zero löytää seuraavassa tehtävässään itsensä ansasta, jonka Neo Arcadian armoton komentaja on hänelle virittänyt. Komentaja aikoo käyttää Zeroa hyväkseen aiheuttaakseen kaaosta reploidien ja ihmisten välille jälleen kerran. Mutta voiko hän onnistua?
LAN-moninpeli.
Jos sinulla on kaksi pelikasettia ja linkkikaapeli, pelaajat voivat yhdistää kaksi GBA:ta ja osallistua kaksinpelimoodiin. Tarjolla on kolme pelitilaa:
– Aikakisa – Aseta tavoite jonnekin kentällä. Kolmen yrityksen jälkeen pelaaja, joka saavuttaa tavoitteen nopeimmin, voittaa.
– Vihollistaistelu – Voita eniten vihollisia generaattorista aikarajan puitteissa.
– Kerää esineitä – Kerää eniten esineitä kartalta aikarajan sisällä.
Tarina
Vuosi on kulunut siitä, kun Zero kukisti Copy X:n. Sen jälkeen hän on viettänyt aikansa vaeltamalla aavikolla ja kukistamalla aalto toisensa jälkeen Pantheoneja. Pelin alussa Zero raahautuu uupuneena läpi hiekkamyrskyn, kietoutuneena riekaleiseen viittaan. Kun hiekka rauhoittuu, hän huomaa jälleen joutuneensa vihollisten takaa-ajamaksi. Vaikka hän on huonossa kunnossa, haarniska haljenneena ja aseet rikkoutuneina (hänen sauvansa ja kilpensä ovat käyttökelvottomia), hän heittää viittansa tuulen vietäväksi ja vetää esiin Buster Shot -aseensa puolustautuakseen.
Muualla, neljän vartijan eloonjääneet kolme jäsentä (Phantom teki itsemurhan yrittäessään estää Zeron hyökkäyksen Area X:ään edellisessä pelissä) ottivat Neo Arcadian komentoonsa, Harpuiasta tuli johtaja. Copy X:n kuolema salattiin, sillä ihmiset pitivät häntä pelastajanaan. Harpuia lähtee Neo Arcadiasta ja tapaa Zeron tämän taistelun jälkeen aavikolla. Harpuia tuo hänet uudelle Vastustusliikkeen tukikohtaan, missä Zero korjataan ja hän jälleen tapaa Cielin ja muun vastarinnan, sekä tutustuu heidän uuteen komentajaansa, Elpizoon. Yksin toimistossaan Ciel kertoo Zerolle vuoden aikana tapahtuneista muutoksista hänen ollessaan poissa, ja muistuttaa häntä lopullisesta tavoitteestaan luoda uusi energiajärjestelmä. Hän näyttää hänelle Baby Elfin, joka on hänen nykyisen tutkimuksensa perusta.