Yhteenveto
Tehtäväsi on auttaa karkotettua tiedemiestä Cieliä löytämään uuden reploidien energian lähde! Pelaa Mega Manin ystävänä Zerona, joka on Mega Man X -sarjasta tuttu reploid, jonka Sigma-virus ja 100 vuoden uni ovat kääntäneet hyvän puolelle. Voita vastustajasi ja löydä energian lähde… tai kohtaa lopullinen tappio. Sinun tehtäväsi on puolustaa hyvyyttä universumin tuhoisilta voimilta.
Tarina
Yli vuosisata Sigman kukistumisen jälkeen Mega Man X -sarjassa muodostettiin Neo Arcadia -niminen hallitus ylläpitämään rauhaa. Neo Arcadian johtajat alkoivat kuitenkin metsästää Reploideja, leimaten heidät epäoikeudenmukaisesti Mavericksiksi. Nyt Reploideilla on vain yksi toivo: legendaarinen Reploid, nimeltään Zero, punainen sankari. Uskottuaan, että Reploideja syytettiin väärin, Ciel pakenee Neo Arcadiasta ja perustaa vastarintaliikkeen sitä vastaan.
Peli alkaa, kun Ciel ja pieni joukko vastarintasotilaita pakenevat Pantheoneja ja Golemeja. Jotkut vastarintasotilaat jäävät jälkeen, mutta heidän on pakko jatkaa eteenpäin. Takaa-ajettuna Ciel saapuu suuren oven luo. Hänen kyberhaltijansa Passy sanoo: "Tunnen täältä voimakasta energiaa. Tämän täytyy olla se paikka." Sen jälkeen sotilaat räjäyttävät oven, ja Ciel, Passy ja Milan astuvat huoneeseen, jonka keskellä on Zero, eloton ja ollut inaktiivisena 100 vuotta. Milan yrittää koskea häneen, mutta energiaeste, joka suojaa Zeroa, heittää hänet takaisin. He yrittävät keksiä, kuinka ohittaa este, kun Pantheoneja ilmestyy ovelle. Milan käskee Cieliä pakenemaan ja kuolee, kun yksi Pantheon osuu häneen. Passy sanoo Cielille: "Sinun on käytettävä voimiani. Sinulla ei ole vaihtoehtoa." Ciel miettii, kun Pantheons lähestyvät yhä lähemmäksi, ja suostuu haikeana. Passyn uhraus rikkoo energiaesteen ja herättää Zeon takaisin eloon. Hän auttaa Cieliä ja saa tietää, että Mega Man X (tosin kopio) on vastuussa viattomien Reploidejen eläkkeelle siirtämisestä.