Yhteenveto
Jotain salaperäistä on meneillään reploidien tutkimussaarella. Reploidit ovat lakanneet toimimasta… niiden tiedot ovat kummallisesti kadonneet. Nyt tutkintatiimi kohtaa "epäsäännöllisiä" reploideja, jotka ovat saaneet tartunnan oudon uuden DNA-sirun kautta. Tämä outo DNA-siru, joka tunnetaan nimellä "DNA Soul", korvaa hyödylliset tiedot tuhoisalla Sigma-viruksella ja asettaa kaikki reploidit välittömään vaaraan. Nyt Mega Man X:n ja hänen toverinsa Zeron tehtävänä on päästä vahingoittuneelle saarelle ja selvittää, kuka on DNA Soul -viruksen takana.