Yhteenveto
Mega Man X7:n juoni sijoittuu 2000-luvun 2200-luvulle, aikaan jolloin ihmiset elävät rinnakkain humanoidirobottien, "Reploidien", kanssa. Koska jotkut Reploidit syyllistyvät väkivaltaisiin ja tuhoisiin rikoksiin, on perustettu poliisiorganisaatio nimeltä "Maverick Hunters" kitkemään tätä toimintaa. Maverick-rikollisuus kasvaa uusissa kaupungeissa. Kun tämä uusi rikosaalto iskee, X vetäytyy eläkkeelle, väsyneenä loputtomista taisteluista. Uusi omankädenoikeutta käyttävä ryhmä, Red Alert, esitellään. Yksi heidän jäsenistään, Axl, päättää, että hänelle riittää heidän "murhaamisensa" ja yrittää lähteä ryhmästä. Red, ryhmän johtaja, suuttuu Axlin loikkaamisesta ja riehaantuu saadakseen Axlin takaisin.
Tarina
Eurasian ja Nightmare-tapahtumien jälkeen Reploidit työskentelevät ahkerasti jälleenrakentaakseen maata. Väsymättä näennäisesti loputtomiin Maverick-sotiin, X päättää jäädä eläkkeelle etsiäkseen rauhanomaisempia ratkaisuja, jättäen Zeron vastuuseen. X:n poissa ollessa Maverick-aktiviteetti alkaa nopeasti lisääntyä, mikä johtaa luvattoman anti-Maverick-vigilanttiryhmän, Red Alertin, muodostumiseen. Ryhmän kasvaessa yhä holtittomammaksi, yksi heidän jäsenistään, uuden sukupolven Reploid-prototyyppi nimeltä Axl, päättää loikata. Ryhmän johtaja Red suuttuu Axlille tämän paetessa ja raivostuu saadakseen hänet takaisin.