Yhteenveto
Tehtävä kriittinen… Zero on kadonnut… Etsintä ja pelastus!
Kolme viikkoa on kulunut siitä, kun Maa oli törmätä avaruussiirtokunta Eurasiaan. Katastrofi vältettiin Zeron sankaritekojen ansiosta. Nyt, kolhitulla ja kärsineellä planeetalla, leviää kertomuksia riehuvista replikoista. Mega Man X:n täytyy selvittää nämä mysteerit, mutta se ei tule olemaan helppoa. Mega Man X:n on taisteltava läpi sokkelomaisten tasojen ja pelastettava replikoita matkalla. Palaa taisteluun yhä uudelleen uuden Painajaisjärjestelmän avulla, joka satunnaistaa tasojen kartat, viholliset ja loput sen mukaan, miten pelaat peliä. Mega Man X on palannut, ja nyt se on henkilökohtaista!