Yhteenveto
Mega Man X ja hänen luotettava kumppaninsa Zero kohtaavat uuden haasteen. Kuka tai mikä on saanut aikaan kapinan Mavericksien keskuudessa kokeellisessa utopiassa, Doppler Townissa?
Tieteilijäreploidin mukaan nimetty Doppler Town oli tarkoitettu paikaksi, jossa ihmiset ja reploidsit voisivat elää sopusoinnussa. Kun reploideja Mavericksiksi muuttava virus löydettiin, Dopplerin kehittämä viruksentorjunta oli suuri menestys. Kuitenkin myös Doppler itse sai tartunnan ja kokosi joukon tuhoamaan Maverick Hunter -yksiköt. Doppler-ilmiö on alkamaisillaan, ja vain Mega Man X ja Zero voivat olla parannuskeino tappavalle virukselle!
Tarina
Zero, joka oli palannut epäsäännöllisenä metsästäjänä, nimitettiin Zero-erikoisjoukkojen komentajaksi ja jatkoi epäsäännöllisten tuhoamista yhdessä X:n, joka toimi 17. eliittiyksikön komentajana, sekä yksikön muiden metsästäjien kanssa. Samaan aikaan tiedemies-repliloidi Dr. Doppler teki tutkimusta, jossa selvisi, että tietokonevirus "Sigma-virus" oli epäsäännöllisyyksien syy. Hän kehitti erityisen vasta-aineviruksen ja ehdotti sen injektoimista repliloideihin. Tämän seurauksena epäsäännöllisyyksien määrä väheni. Lisäksi Dr. Doppler ilmoitti rakentavansa "Doppeltownin", rauhanomaisen kaupungin, jossa ihmiset ja repliloidit voisivat elää rinnakkain, ja sai sekä ihmisten että repliloidien tuen. Muutamaa kuukautta myöhemmin Doppler ja hänen repliloidinsa, joihin oli injektoitu edellä mainittu vasta-ainevirus, kapinoivat. Epäsäännöllisten metsästäjät tunnistivat Dopplerin ja kapinaan osallistuneet epäsäännöllisiksi, ja X ja Zero määrättiin toimintaan.