Yhteenveto
Juuri kun Mega Man X luuli kukistaneensa kaikki X-Metsästäjät, muutamaa kuukautta myöhemmin hylättyyn tehtaaseen nousee uusi uhanalainen ryhmä. Sillä aikaa kun kahdeksan täysin uutta X-Metsästäjää pitävät Mega Man X:n kiireisenä, kolmoisuhka suunnittelee salaisen aseen herättämistä eloon – aseen, joka on turhankin tuttu!
Hyvä tohtori Light varustaa Mega Man X:n uskomattomilla uusilla kyvyillä, jotka on piilotettu syvälle maan alle kapselien sisään. Uusien ajoneuvojen, kuten liikkuvan hyökkäyspyörän, ja X-Metsästäjiltä saamiensa voimien avulla Mega Man X on valmis kohtaamaan kohtalonsa Maverick-metsästäjänä. Nyt on kaikki pelissä tai ei mitään Mega Man X:lle!
Tarina
Kuusi kuukautta Sigman, historian voimakkaimman repliloidin, kapinan jälkeen. Niiden epäsäännöllisten määrä, joiden oli aiemmin oletettu vähentyneen, jatkoi kasvuaan, ja epäsäännöllisten metsästäjien tukikohtia tuhottiin eri paikoissa. Näitä tapahtumia aiheuttaneisiin epäsäännöllisiin oli istutettu erityisiä ohjaussiruja, joihin oli kaiverrettu "Σ"-merkki, jonka piti olla tuhottu.