Yhteenveto
Elämänsä loppupuolella tohtori Light onnistuu luomaan uuden robottisarjan ensimmäisen yksilön, joka tulee muuttamaan maailmaa. Pystyen ajattelemaan ja tekemään päätöksiä, tämä uusi robotti pitää sisällään sekä suuria vaaroja että mahdollisuuksia. Peläten luomuksensa mahdollisia seurauksia, tohtori Light päättää sulkea sen kapseliin ja testata sen järjestelmiä, kunnes ne ovat täysin luotettavia. Tulevaisuus saa päättää sen kohtalosta…
Kun tohtori Cain vapauttaa kapselista "X":n, hän syntyy tulevaisuuden maailmaan, jossa robottikapinat ovat menneisyyttä. Mutta kun tohtori Cain yrittää soveltaa tohtori Lightin suunnitelmia uudessa Reploid-sarjassa, jokin menee hirvittävän pieleen. Nyt tulevaisuus on tuhon partaalla, ja uuden Mega Manin on noustava kohtaamaan Sigma ja hänen joukkonsa ennen kuin ihmiskunta pyyhkäistään planeetalta!
Tarina
On vuosi 21XX. Fossiilitutkimuksia tehdessään ihmistiedemies Dr. Cain löytää kapselin, jossa on menneisyydestä peräisin oleva robotti: Mega Man X. Kapselista löytyy myös varoitusviesti Dr. Lightilta, X:n luojalta:
VAROITUS:
"X" ON UUDEN SUKUPOLVEN ENSIMMÄINEN ROBOTTI, JOLLA ON INNOVAATIIVINEN OMINAISUUS – KYKY AJATELLA, TUNTEA JA TEHDÄ OMIA PÄÄTÖKSIÄ. TÄMÄ KYKY VOI KUITENKIN OLLA ERITTÄIN VAARALLINEN. JOS "X" RIKKOISI ROBOTIIKAN ENSIMMÄISEN SÄÄNNÖN, "ROBOTTI EI SAA VAHINGOITTAA IHMISTÄ", SEURAUKSET OLISIVAT TUHOISAT JA PELKÄÄN, ETTEI MIKÄÄN VOIMA MAAN PÄÄLLÄ PYSTYISI PYSÄYTTÄMÄÄN HÄNTÄ.
NOIN 30 VUOTTA VAADITAAN, ENNEN KUIN VOIMME TURVALLISESTI VAHVISTAA HÄNEN LUOTETTAVUUTENSA. VALITETTAVASTI EN TULE ELÄMÄÄN NÄHDÄKSENI TUOTA PÄIVÄÄ, EIKÄ MINULLA OLE KETÄÄN JATKAMASSA TYÖTÄNI. SIKSI OLEN PÄÄTTÄNYT SULKEA HÄNET TÄHÄN KAPSELIIN, JOKA TESTAA HÄNEN SISÄISIÄ JÄRJESTELMIÄÄN, KUNNES HÄNEN LUOTETTAVUUTENSA ON VAHVISTETTU. ÄLÄ HÄIRITSE KAPSELIA, ENNEN KUIN TUO AIKA KOITTAA.
"X":SSÄ ON SUURIA RISKEJÄ, MUTTA MYÖS SUURIA MAHDOLLISUUKSIA. VOIN VAIN TOIVOA PARASTA.
SYYSKUUN 18. PÄIVÄ, 20XX
T.LIGHT
X:n suunnittelu kiinnosti Cainia, ja hän analysoi Dr. Lightin muistiinpanoja. Muutamia kuukausia myöhemmin Cain onnistui luomaan X:n kaltaisia robotteja, joita kutsuttiin Reploideiksi, ja niitä alettiin valmistaa massoittain ympäri maailmaa. Tuntemattomista syistä jotkut Reploidit alkoivat käyttäytyä oudosti ja hyökätä ihmisten kimppuun, ja heidät leimattiin Maverickeiksi. Mahdollisten uhkien torjumiseksi perustettiin Maverick Hunters. Edistynyt Reploid, Sigma, nimitettiin heidän johtajakseen. X liittyi myös Maverick Huntersiin. Aika kului ja Maverick Hunters onnistui ylläpitämään rauhaa, mutta eräänä päivänä Sigma itse muuttui Maverickiksi ja sai tuekseen muita Maverick Huntersin jäseniä aloittaakseen sodan ihmiskuntaa vastaan. Vaikka X oli luonnostaan pasifisti, hänen oli pakko toimia, joten hän liittyi Maverick Huntersin uuden johtajan, Zeron, kanssa pysäyttämään Sigman ja Maverickien pyrkimykset.