Yhteenveto
Mega Man -pelisarjan toinen käsikonsoliversio vie hänet (yhdessä koiransa Rushin kanssa) voittamaan kahdeksan elvytettyä Robot Masteria (peleistä Mega Man 2 ja Mega Man 3), samalla kun he selvittävät Dr. Wilyn olinpaikkaa (joka on matkustanut tulevaisuuteen varastaakseen aseen kukistaakseen Mega Manin).
Tarina
Vaikka Dr. Wily koki murskaavan tappion Mega Manin käsissä Mega Man: Dr. Wily's Revenge -tapahtumien aikana, hän suunnitteli jo seuraavaa juontaan. Jos hän saisi käsiinsä aikakoneen (amerikkalaisessa ohjekirjassa nimeltään Time Skimmer), jota kehitettiin Aika-avaruustutkimuslaboratoriossa (amerikkalaisessa ohjekirjassa nimeltään Chronos Institute), hän ajatteli voivansa muuttaa menneisyyttä.
Varastettuaan aikakoneen Wily halusi heti lähteä aikamatkalle, mutta joutui laittamaan hätäjarrun suunnitelmiinsa, kun hän huomasi, että aikakoneessa oli vakava vika.
Samaan aikaan Dr. Light lähetettiin aika-avaruuslaboratorioon tutkimaan asiaa. Rushin superhajuaistin avulla hän pystyi päättelemään, että varkauden takana oli kukapa muukaan kuin Dr. Wily. Syntyneen pahan aavistuksen vuoksi Dr. Light kutsui nopeasti Mega Manin ja Rushin etsimään Dr. Wilya.