Yhteenveto
Kaukaisessa tulevaisuudessa ihmiskunta on keskellä kylmää sotaa Thanatosian-nimisen avaruusolentojen rodun kanssa. Kun Maan laivasto harjoittelee ampumista tuhotakseen asumattoman planeetan, raskas hävittäjä Jeremiah O'Brien saa tuntemattoman viruksen, joka muuttaa miehistön. Muutosten vuoksi heidän DNA:taan ei enää tunnisteta, ja O'Brienin turvarobotti, yksinkertaisesti "aluksen puolustaja", luulee heitä tunkeilijoiksi ja tappaa heidät. Näennäinen tekninen vika on aiheuttanut sen, että O'Brienin tietokone uskoo olevansa todellisessa sotatilanteessa ja valitsee Calliope-planeetan tuhottavaksi kohteeksi. Kuten kaikissa ihmisten laivaston Cerberus-luokan hävittäjissä, O'Brienilla on ase nimeltä "Iron Helix", joka pystyy tuhoamaan kaiken elämän planeetalla yhdellä iskulla. Hyökkäys Calliopeen, rauhalliseen Thanatosian-planeettaan, aiheuttaisi sodan kiihtymisen.
Pelaaja on mukana tieteellisessä tutkimusaluksessa Indiana, ja Maan joukot ottavat häneen yhteyttä yrittääkseen pysäyttää O'Brienin, sillä Indiana oli ainoa lähettyvillä oleva alus. Koska alus on saanut tuntemattoman viruksen, pelaaja ohjaa sen sijaan etänä eläintieteellistä robottia, joka lähetetään tutkimaan alusta. Koska monet aluksen järjestelmät ovat lukittuina DNA-tunnistimilla, robotin on kerättävä puhtaita näytteitä miehistön DNA:sta päästäkseen erilaisiin turvattuihin alueisiin aluksella. Robotti voi myös kytkeytyä O'Brienin dataportteihin hallitakseen sen järjestelmiä, aina ovien avaamisesta toimeenpanokäskyjen antamiseen.