Yhteenveto
Labyrinttimaisen raunion syvyyksissä nuori tyttö nimeltä Mion herää syvästä unesta. Eksyneenä, yksin ja ilman muistikuvaa siitä, miten hän on päätynyt sinne tai missä hänen vanhempansa ovat, häntä tervehtii kaksi tulikärpästä—yksi täysin valosta koostuva ja toinen, joka piileskelee varjojen joukossa. Vaihtelemalla valon ja varjojen maailman välillä, näiden kahden tulikärpäsen on tehtävä yhteistyötä palauttaakseen Mionin muistot ja johdattaakseen hänet ulos raunioista, missä ahnaat varjopedot, muinaiset koneet ja petolliset ansat odottavat estääkseen hänen tiensä.
Tarina
Tarina alkaa 31. joulukuuta vuonna 9999, kun nuori muistinmenetyksestä kärsivä tyttö nimeltään Mion herää pimeän raunion pohjalta autiossa maailmassa. Seuraten halua auttaa Mionia pakenemaan raunioista ja näkemään ulkomaailman, tulikärpänen Hotaru johdattaa häntä matkalla ylöspäin raunioiden läpi. Matkallaan ulos hän löytää miehittämättömiä koneita, vääristyneitä kasveja ja kuolleiden lasten ruumiita.