Yhteenveto
.Hack//Mutation on toinen peli neljän pelin sarjasta, johon kuuluvat .hack//Infection, .hack//Mutation, .hack//Outbreak ja .hack//Quarantine. Pelit sisältävät "pelin pelin sisällä", kuvitteellisen massiivisen monen pelaajan verkkoroolipelin (MMORPG) nimeltä The World, joka ei vaadi pelaajaa yhdistämään itseään Internetiin. Pelaajat voivat siirtää hahmonsa ja tietonsa sarjan pelien välillä. Jokaisen pelin mukana tulee ylimääräinen DVD, joka sisältää jakson .hack//Liminality-sarjasta, alkuperäisestä videoanimaatiosta, joka kertoo kuvitteellisista tapahtumista, jotka tapahtuvat samaan aikaan pelien kanssa.
Pelit ovat osa multimediafranchisingia nimeltä Project .hack, joka tutkii The Worldin salaperäisiä alkuperiä. Pelit sijoittuvat anime-sarjan .hack//Sign tapahtumien jälkeen ja keskittyvät pelaajaan nimeltä Kite, joka yrittää selvittää, miksi jotkut käyttäjät ovat vaipuneet koomaan pelattuaan The Worldia. Etsintä kehittyy syvällisemmäksi tutkimukseksi The Worldista ja sen vaikutuksista Internetin vakauteen.
Tarina
Kite ja BlackRose palaavat Θ Chosen Hopeless Nothingness -alueelle, mutta huomaavat osan alueesta olevan lukittu. Pienen Balmungin väliintulon jälkeen he palaavat Dun Loireagiin, jossa Kite saa kuulla, että hänen Level Up Campaignista voittamassaan Book of Law -kirjassa on virhe, joka estää sen asentamisen. Se korvataan Book of Absolute -kirjalla (jota ei myöskään voida asentaa). BlackRose väittää, ettei ole koskaan kuullutkaan kyseisestä tapahtumasta.
He saavat sähköpostia, jossa kehotetaan tulemaan Θ Soaring Sky Bounded Abyss -alueelle, jos he haluavat lisätietoja koomapotilaista. Kyseessä on kuitenkin ansa, jonka järjestelmänvalvoja Lios on asettanut. Lios kertoo, että heidän ei pitäisi tutkia asiaa enempää, ja aikoo poistaa Kiten hahmotiedot sekä rannekkeen. Helba kuitenkin puuttuu peliin ja sanoo, etteivät he voi poistaa niitä, koska hahmotietoihin on koodattu mystinen salaus. Hän esittää teorian, että The World perustuu Epitaph of Twilightiin, ja kehottaa heitä etsimään vihjeitä Epitaphista. Hän ehdottaa Liosille, että tämän pitäisi mieluummin tarkkailla heitä kuin yrittää poistaa heitä. Lios suostuu lopulta, päättäen käyttää heitä ja rannekkeen ainutlaatuisia kykyjä tutkiakseen korruptoituneita alueita.