Yhteenveto
Tapahtumat sijoittuvat Gradius III:n ja Gradius IV:n välille.
"Kolmannen Bakteriaanisodan" aikana planeetta Gradius voitti bakteriaanit, ja rauha palasi Gradiukseen. Kahdensadan vuoden kuluttua Gradius kukoisti, mutta kun tieteisalus katosi "Pahan Avaruus" -nimisessä sumussa, Gradiuksen siirtokuntaplaneettoja hyökkäsi tuntematon voima, joka tuhosi 99 % Gradiuksen armeijasta. Gradiuksen armeijan päämaja päätti käynnistää epätoivoisen hyökkäyksen "Pimeään Sumuun", joka oli hyökkääjien lähde. Neljä Hyper Avaruushävittäjää laukaistiin emäaluksesta pysäyttämään heidät.