Yhteenveto
Äiti kertoo pojalleen tarinan heidän esi-isistään, jotka taistelivat lähes vuosisata sitten hirviöitä nimeltä Terrus Firma vastaan, ja että hirviöt palaavat sadan vuoden välein. Tämä tarina innoitti nuoren pojan kasvamaan miekkamieheksi, jotta hän olisi valmis taistelemaan näitä hirviöitä vastaan, kun aika koittaa. Eräänä päivänä nuori mies oli ulkona ystäviensä Myuran ja Zenon kanssa, kun heitä hyökkäsivät vihamieliset olennot. Paetessaan hirviöitä he löytävät piilopaikan, jossa he kohtaavat nuoren miehen nimeltä Xephon. Xephon antaa heille salaperäisen esineen, ja kun heitä kehotetaan koskettamaan puuta, he siirtyvät ajassa taaksepäin ja tapaavat esi-isänsä, jotka haluavat matkustaa nykyhetkeen auttamaan tulevaisuuden maailman pelastamisessa saapuvilta Terrus Firmoilta. Esi-isät eivät kuitenkaan pysty matkustamaan tulevaisuuteen, joten nuori miekkamies pyytää esi-isiään ottamaan hänet siipiensä suojaan ja kouluttamaan hänet, jotta hän voisi pelastaa maailman Terrus Firmoilta.
Genso Suikoden: Tsumugareshi Hyakunen no Toki on Suikoden-peli, joka sijoittuu universumiin, joka on erillään pääsarjan Suikoden-peleistä. Pelissä ei ole satunnaiskohtaamisia, sillä pelaaja näkee viholliset ruudulla ja voi yleensä itse päättää, milloin haluaa aloittaa vuoropohjaisen taistelun heidän kanssaan. Vuoropohjainen taistelujärjestelmä säilyttää aikaisempien Suikoden-pelien kuuden hengen ryhmästandardin. Pelin kaupungit tutkitaan valikoiden kautta sen sijaan, että niitä kuljettaisiin fyysisesti läpi.
Kuten muissakin Suikoden-peleissä, pelaajalla on mahdollisuus yrittää rekrytoida 108 hahmoa joukkoihinsa.