Yhteenveto
Yokosuka, Japani, vuosi 2112 jKr. Nuori opiskelija Kazuki Takemura työskentelee testilentäjänä Kirishima Industriesilla, joka valmistaa sotilaallisia taisteluwanzereita (kävelypanssareita), koneellisia käveleviä robotteja, joiden liikkuminen muistuttaa ihmisen liikkeitä. Kazuki on juuri päättänyt uuden Zeinslev-prototyypin taistelukyvykkyyden testauksen laboratoriossa. Päivän tehtävät suoritettuaan hänen paras ystävänsä Ryogo pyytää häntä auttamaan yrityksen toimituksessa Japanin Puolustusvoimien (JDF) sotilastukikohtaan. Tämä yksinkertainen päätös määrittää, missä Kazuki on, kun Japaniin alkaa tapahtua outoja asioita. Suuri räjähdys, wanzerin varkaus, hänen siskonsa Alysian vainoaminen, huhut voimakkaasta aseesta ja syytökset OCU:n ja USN:n agenttien osallisuudesta tekevät tilanteesta monimutkaisemman. Kazuki tempautuu mukaan ristiriitaisten lojaalisuuksien juonitteluun ja joutuu eri ryhmien hyökkäysten kohteeksi. Hänen on rekrytoitava lisää hahmoja ja wanzereita voittaakseen taisteluissa ja tutkiakseen johtolankoja selvittääkseen, mitä on meneillään.
Tarina
Front Mission 3:ssa on kaksi juonta, jotka keskittyvät japanilaisiin wanzer-testipilotteihin Kazuki Takemuraan ja Ryogo Kusamaan. Pelaajan tekemä aikainen päätös pelissä määrittää, pelaako hän DHZ-skenaariota vai USN-skenaariota. DHZ-skenaariossa pääosassa on japanilainen tiedemies Aliciana "Alisa" Takemura, kun taas USN-skenaario keskittyy tiedemies Emir "Emma" Klamskyyn.
Vaikka kummassakin skenaariossa on eri hahmot ja tarinat, ne jakavat useita tapahtumia ja paikkoja pelissä. Tarinankerrontatavan vuoksi ei tiedetä, kumpi skenaarioista liittyy kanonisesti Front Mission 5: Scars of the War -peliin. Lokakuun 31. päivänä Kazuki aloittaa uuden prototyyppi-wanzerin testauksen Kirishima Heavy Industriesin testialueella lähellä Okinawaa. Testin jälkeen hänelle kerrotaan, että jotkin rakennuswanzereista on toimitettava JDF:n tukikohtaan Yokosukassa. Ryogo kysyy Kazukilta, voisiko hän lähteä mukaan kuljettamaan wanzereita. Jos pelaaja valitsee lähtevänsä Ryogon kanssa, hän pelaa USN-skenaariota. Jos pelaaja ei lähde, hän pelaa DHZ-skenaariota.
Kummassakin tapauksessa Kazuki ja Ryogo saavat lopulta tehtäväkseen toimittaa Kirishiman prototyypit Yokosukan tukikohtaan. Kun he valmistautuvat kuljetukseen, räjähdys saa Kazukin yrittämään päästä itse tukikohdan sisään. Kaksi testipilottia joutuvat lopulta poistumaan tukikohdasta. Huomaten, että hänen sisarensa Alisa siirrettiin hiljattain tukikohtaan, Kazuki ja Ryogo löytävät lopulta jälleen tiensä kompleksin sisälle.