Yhteenveto
Tuhat vuotta on kulunut alkuperäisen Final Fantasy: Crystal Chronicles -pelin tapahtumista. Suuren sodan aikana Yuke-kristallin tuhoutuminen, ja Yuke-heimolle koitunut näennäinen tuho, ovat lopulta tuoneet voitokkaille Liltielle vallan maailmassa. He ovat johtaneet sen uuteen tieteen ja järjen aikakauteen kristallireaktoreiksi kutsuttujen koneiden avulla, kun taas taikuus on kielletty ja Clavateja sekä muutamia uusia järjestystä myötäileviä Selkieitä hallitaan. Tässä uuden aikakauden epätasapainossa elää harvinainen voimakkaiden olentojen ryhmä, "kristallinkantajat", joiden näennäisesti maagiset kyvyt ovat saaneet heidät herättämään pelkoa ja halveksuntaa yleisössä.