Yhteenveto
Vuonna 2642 jKr. Maa on yhä arpeutunut aiemmista avaruusolentojen konflikteista, kun ympäristöongelmat kasvavat ihmiskunnan hallinnan ulkopuolelle. 80 % planeetan väestöstä tuhoutui täysin kehitysvaiheessa olevan hypermagneettisten aseiden verkoston vikaantumisen seurauksena. Bill Rizer, Alien Wars -sotien sankari, pidätettiin syyllisenä tapaukseen sekä kumppaninsa Lance Beanin murhasta, joka tiettävästi yritti estää häntä. Hänelle annettiin 10 000 vuoden rangaistus kryogeenisessä vankilassa.
Kuitenkin viisi vuotta myöhemmin, vuonna 2647, Maa kohtaa uuden uhkan, kun terroristijärjestö "Blood Falcon", jota johtaa salaperäinen ja yli-inhimillinen komentaja, levittää paniikkia ympäri maailman. Hallitseva hallitus, jota kutsutaan "Triumviraatiksi", päättää vapauttaa Bill Rizerin ennen rangaistuksen päättymistä hänen aiempien menestystensä vuoksi Maan puolustamisessa, toivoen hänen voivan kukistaa Blood Falconin. Lucia, kehittynyt kyborgisotilas, jonka hallitus loi tohtori Geo Mandraken tutkimusten pohjalta, lähetetään tukemaan ja avustamaan Billin pyrkimyksiä. Lopulta Bill saa selville, että Lance on yhä elossa ja on itse asiassa Blood Falconin komentaja.
Voitettuaan Lancen käy ilmi, että menneisyyden pelien avaruusolennot hyökkäsivät, koska Triumviraatti oli salaa varastanut heiltä salaperäisen ja voimakkaan "Relikin". Tämän tiedon myötä Billin ja Lucian on kohdattava Triumviraatti ja paljastettava alienien Relikin salaisuus.