Yhteenveto
Peli alkaa presidentin tiedotustilaisuudella Valkoisessa talossa, jossa käsitellään Yuria ja hänen maailmanvalloitustaan mielenhallinnan avulla. Yuri keskeyttää tiedotustilaisuuden kertoakseen suunnitelmistaan vallata maailma ja kertoo Yhdysvaltain presidentti Michael Duganille, että hänellä on ympäri maailmaa verkosto Psyykkisiä Dominantteja, joita hän alkaa nyt paljastaa. Yksi Yurin Psyykkisistä Dominanteista sijaitsee Alcatrazin saarella San Franciscossa, ja Yuri aktivoi sen juuri ennen kuin lopettaa lähetyksensä Valkoiseen taloon. Presidentti käskee välittömästi ilmaiskun laitteeseen, mutta kaikki hyökkäävät lentokoneet ammutaan alas, vaikka yksi niistä törmää saaren ydinreaktoriin, aiheuttaen laitteen menettävän voimansa eikä se toimi. Tästä huolimatta Yuri aktivoi muut Psyykkiset Dominanttinsa ympäri maailmaa, ja suuri osa planeetasta joutuu nopeasti Yurin mielenhallinnan alaiseksi.
Tarina
Tarinan juoni jatkuu suoraan siitä, mihin Red Alert 2:n liittoutuneiden pääjuoni jäi. Liittoutuneet keskittyivät valtaamaan takaisin alueita ja taistelemaan entisen Neuvostoliiton pääministeri Romanovin uskollisia joukkoja vastaan, kun taas Romanovin neuvonantaja Yuri salaa kokosi oman armeijansa hyödyntäen laajaa tietämystään psioniikasta ja geneettisestä muuntelusta. Kun Yuri julistaa aikeensa, maailmanlaajuinen verkosto laitteita, joita kutsutaan psyykkisiksi hallitsijoiksi, aktivoituu yrittäen orjuuttaa koko maailman. Amerikan presidentti Dugan määrää ilmaiskun tuhoamaan yhden näistä laitteista Alcatrazin saarella, ja vaikka hyökkäys epäonnistui, yksi alasammutusta Harrierista vaurioitti laitteen virtalähdettä. Kun kaikki muut psyykkiset hallitsijat aktivoituvat, liittoutuneet yrittävät saada aikakoneen käyntiin estääkseen tapahtumien kulun. Tässä vaiheessa pelaaja voi valita joko liittoutuneiden puolelle tai liittyä neuvostoliittolaisiin varastaakseen aikakoneen Yurin voittamiseksi ja samalla palauttaa Neuvostoliiton valtaan. Yurin armeijalla ei ole omaa yksinpelikampanjaa, mikä on ensimmäinen ja ainoa kerta, kun pelattavalla ryhmittymällä ei ole yksinpelisisältöä.