Yhteenveto
Sivuttain vierivä tasohyppelypeli, jossa robotti kulkee läpi oudon maailman, joka on ajautunut sekasortoon väkivaltaisen historiansa ja lääkärin takia, joka yrittää hyödyntää asukkaita edistääkseen omaa vallanhimoaan.
Tarina
Pelin päähenkilö herää luolassa ilman muistikuvia siitä, miten hän on sinne päätynyt. Hän löytää Mimigoiden kylän, jota Tohtori vainoaa. Tohtorin palvelijat Misery ja Balrog etsivät Sue Sakamotoa, tyttöä, joka on muutettu Mimigaksi. Kun he eivät löydä häntä, he sieppaavat vahingossa toisen Mimigan nimeltä Toroko. Pelaaja löytää Suen Munakäytävästä, missä hän löytää Taivaan lohikäärmeen munia, jotka kuoriutuessaan voisivat auttaa häntä pakenemaan leijuvasta saaresta. Sue yrittää pelastaa veljensä Kazuman, mutta King, Mimiga-kylän johtaja, vangitsee hänet ja syyttää häntä Torokon sieppauksesta. Sue antaa pelaajalle tehtäväksi hakea Kazuma Grasstownista. Kun Kazuma on vapautettu, he tapaavat professori Boosterin, joka paljastaa, että Tohtori aikoo käyttää punaisia kukkia muuttaakseen Mimigat armeijaksi, jolla hän valtaa pintamaailman. Booster lähettää pelaajan Hiekkavyöhykkeelle tuhoamaan punaiset kukat ennen kuin Tohtori löytää ne. Siellä pelaaja tapaa Curly Bracen, naisrobotin, jolla ei myöskään ole muistoja menneisyydestään, ja Jenkan, vanhan noidan, joka on Miseryn äiti ja punaisten kukkien vartija. Jenka kutsuu pelaajaa "pintamaailman sotilaaksi", joka on yksi monista, jotka lähetettiin saarelle teurastamaan Mimigoja.
Misery siirtää pelaajan saaren syvyyksissä sijaitsevaan Labyrinttiin rangaistuksena Tohtorin suunnitelmien häiritsemisestä. Curly Brace on myös heitetty Labyrinttiin, ja he tekevät yhteistyötä paetakseen. Balrog auttaa heitä siirtämään kiven, joka tukkii uloskäynnin, paljastaen ystävällisen luonteensa. Kaksikko löytää ja voittaa ytimen, taikakolikon, jonka voima pitää saaren ilmassa. Kuitenkin Tohtori astuu väliin pelastaakseen sen ennen kuin saari romahtaa. Tietyissä olosuhteissa pelaaja voi pelastaa Curly Bracen, joka oli uhrautunut antaakseen pelaajalle happisäiliönsä. Kun hän palaa Mimiga-kylään, hän huomaa, että Tohtori on kaapannut Mimigat. Munakäytävässä Kazuma tarjoaa pelaajalle mahdollisuuden paeta saarelta hänen kanssaan Taivaan lohikäärmeellä, mikä johtaa vaihtoehtoiseen loppuun, jossa Tohtori valloittaa pintamaailman Kazuman ja pelaajan piileskellessä vuorilla. Pelaaja voi sen sijaan päättää kohdata Tohtorin ja tuhota saaren ytimen, mikä palauttaisi Mimigat ennalleen. Pelaaja kiipeää saaren ulkoseinää päästäkseen Plantaasiin, jossa Tohtori käyttää Mimigoja orjatyövoimana kasvattaakseen punaisia kukkia. Tohtorin palvelijat vangitsevat hänet ja laittavat hänet vankiselliin Suen kanssa. Sue viedään pois ennen kuin pelaaja herää, mutta hänen kirjeensä paljastaa, että Tohtori oli tutkimusretkikunnan jäsen, johon kuuluivat myös Suen perhe ja professori Booster, mutta hän petti heidät löydettyään Demonikruunun. Sue ohjaa pelaajaa etsimään äitinsä, jolla saattaa olla suunnitelma Tohtorin pysäyttämiseksi.
Jos pelaaja pelasti aiemmin Curly Bracen, hän voi löytää esineen, joka palauttaa hänen muistonsa. Hän muistaa, että pelaajan hahmon nimi on Quote, eivätkä he olleetkaan ne tappajarobotit, jotka teurastivat Mimigoja menneisyydessä. Sen sijaan heidät lähetettiin tuhoamaan Demonikruunu estääkseen sen voiman päätymisen vääriin käsiin. Quote löytää Suen äidin, Momorinin, joka rakentaa rakettia, jonka avulla pääsee saaren huipulle, missä Tohtori asuu. Autettuaan häntä raketin täydentämisessä Quote kohtaa Miseryn ja Tohtorin. Tohtori on puhdistanut punaisten kukkien olemuksen kristalliksi, jonka avulla hän selviää, vaikka Quote tuhoaa hänen ruumiinsa. Tohtorin henki valtaa saaren ytimen, mutta Quote onnistuu tuhoamaan senkin, mikä aiheuttaa saaren putoamisen kohti Maata. Tietyin ehdoin pelaaja voi edetä bonusvaiheeseen nimeltä Veritahrattu pyhäkkö, missä Demonikruunun luoja, Ballos, on vangittuna. Ballos, Jenkan veli, oli voimakas velho, joka menetti järkensä kidutuksen jälkeen. Misery pakotti Ballosin luomaan Demonikruunun, mutta hän ja Balrog joutuivat kirotuiksi palvelemaan sen haltijaa. Curly Bracen avustuksella Quote voittaa Ballosin ja pysäyttää saaren putoamisen aiheuttaneen negatiivisen energian lähteen, pelastaen sen asukkaat. Balrog pelastaa kaksikon ennen kuin he murskautuvat Ballosin sortuvan vankilan alle – hänet oli lähettänyt Misery kiitoksena kirouksen rikkomisesta. Quote, Curly Brace ja Balrog jättävät saaren elääkseen rauhassa.