Yhteenveto
Banjo ja Kazooie ovat elämänsä suurimmassa seikkailussa, taistellen pitkäaikaista vihollistaan Gruntildaa vastaan Spiral Mountainin oikeutetusta omistuksesta. Käytä kekseliäisyyttäsi ja mielikuvitustasi luodaksesi villejä ja ihmeellisiä laitteita, jotta Banjo ja Kazooie voivat nujertaa tämän ilkeän noidan. Hallitse tiet, taivaat ja vedet Banjo-Kazooie: Nuts & Bolts -maailmassa!
Tarina
Peli sijoittuu Banjo-Tooien tapahtumien jälkeiseen aikaan, jossa Banjo ja Kazooie tuhosivat Gruntildan ruumiin. Gruntildan tappion jälkeen on kulunut kahdeksan vuotta. Kun Banjo ja Kazooie syövät pizzaa, pelaavat videopelejä ja kuuntelevat radiota, he huomaavat Gruntildan irronneen pään palaavan Spiral Mountainille. He ovat valmistautumassa taisteluun, kunnes Lord of Games (L.O.G.) keskeyttää heidät. Hän yrittää ratkaista kaksikon välisen konfliktin luomalla joukon maailmoja ja haasteita. Hän käyttää voimiaan antaakseen Gruntille keinotekoisen kehon ja palauttaakseen Banjon ja Kazooien fyysisen kunnon, mutta ei heidän aiempien pelien liikkeitään.
L.O.G. kuljettaa hahmot Showdown Towniin, päämajaansa, ja aloittaa kilpailun. Voittaja saa omistaa Spiral Mountainin; häviäjän on kestettävä ikuista raskasta työtä L.O.G.:n videopelitehtaassa. Kun Banjo ja Kazooie pyrkivät voittamaan suorittamalla haasteet, Gruntilda käyttää voimiaan ja kykyjään estääkseen heitä. Mekaanisten Gruntbot-robottien armeija auttaa myös noitaa hänen tavoitteessaan. Peli päättyy, kun Gruntilda ja Banjo yrittävät kohdata viimeisessä kaksintaistelussa, mutta L.O.G. tulee jälleen väliin estämään heitä. Kun L.O.G. lähettää Gruntildan raatamaan videopelitehtaalleen, hän palkitsee Banjon ja Kazooien palauttamalla heidän liikkeensä ja antamalla heille Spiral Mountainin omistusoikeudet. Gruntilda vannoo, että hänen vieminen tehtaalle oli virhe ja että hän aikoo tehdä oman videopelinsä.