Yhteenveto
Assassin's Creed on epälineaarinen toiminta-seikkailupeli, jossa pelaaja ohjaa 1100-luvun Levantin salamurhaajaa nimeltä Altaïr Ibn-La'Ahad kolmannen ristiretken aikana. Pelaaja kokee hänen elämänsä Animuksen kautta, jota käyttää hänen 2000-luvulla elävä jälkeläisensä Desmond Miles.
Tarina
Desmond Miles, baarimikko, kidnapataan Abstergo Industries -nimisen yrityksen toimesta, jotta häntä voidaan käyttää koekaniinina "Animus"-laitteessa, joka kykenee simuloimaan geneettistä muistia. Abstergo aikoo laittaa Desmondin laitteeseen, jotta hän voisi muistella esi-isänsä, Altaïr Ibn-La'Ahadin, muistoja. Altaïr oli Assassin Brotherhoodin jäsen vuonna 1191, Kolmannen ristiretken aikaan Pyhässä maassa. Aluksi Desmondilla on vaikeuksia sopeutua laitteeseen, mutta lopulta hän käy läpi Altaïrin seikkailut seuraavien päivien aikana. Pelissä siirrytään pääasiassa Altaïrin näkökulmaan, mutta välillä palataan Desmondiin Animuksen ongelmien tai Bleeding Effectin ilmaantumisen vuoksi.
Peli alkaa, kun Desmond astuu Altaïrin muistiin, mutta pian hän kohtaa synkronointiongelmia. Tässä vaiheessa Lucy Stillmanin ja Warren Vidicin äänet kuuluvat kiistelemässä Desmondin turvallisuudesta Animuksessa. Koettuaan muutamia ongelmia Desmond poistuu virtuaalikoneesta, ja Vidic selittää hänelle Animuksen toimintaperiaatteet ennen kuin käynnistää laitteen opetusohjelman. Kun Desmond on suorittanut opetusohjelman, hän siirtyy Altaïrin lähimpään synkronoitavaan muistiin; Lucy lisää, että Desmondin on elettävä Altaïrin elämän avainhetket uudelleen lisätäkseen synkronointiaan ennen kuin hän pääsee viimeiseen muistiin, joka sisältää Abstergoa kiinnostavat tiedot.
Altaïr nähdään aluksi yrittämässä hakea yhtä "Eedenin kappaleista" Salomonin temppelistä Malik Al-Sayfin ja tämän veljen Kadarin avustuksella, mutta heidät pysäyttää Temppeliherrain ritarikunnan suurmestari Robert de Sablé, joka on Assassiinien vihollinen. Kun Altaïr yrittää tappaa Robertin ja rikkoo samalla kaikki kolme Assassiinien uskonkappaletta, hän epäonnistuu. Seuranneessa kaaoksessa Malikin veli kuolee, ja Malikin vasen käsi vammautuu ja joudutaan myöhemmin amputoimaan. Kun Altaïr palaa Assassiinien tukikohtaan Masyafissa pyytämään anteeksi, Malik, joka selvisi de Sablésta, palaa artefakti mukanaan ja moittii Altaïria tämän ylimielisyydestä.
Välttyessään täpärästi temppeliherrain vastahyökkäykseltä, Assassiinien johtaja Al Mualim alentaa Altaïrin noviisiksi mutta antaa hänelle uuden mahdollisuuden nousta veljeskunnan riveissä. Al Mualim antaa Altaïrille tehtäväksi salamurhata yhdeksän avainhenkilöä Pyhässä maassa Jerusalemissa, Akressa ja Damaskoksessa, tavoitteenaan tuoda rauha ristiretkeläisten ja saraseenien joukkojen välille. Kukin kohde pohjautuu todellisiin historiallisiin henkilöihin Kolmannen ristiretken ajalta, mukaan lukien Majd Addin, Garnier de Naplouse, Jubair al Hakim, Abu'l Nuqoud, Sibrand, William of Montferrat ja Robert de Sablé.
Altaïr suorittaa jokaisen tehtävän ja oppii, kuinka kukin kohde liittyy Robertiin ja temppeliherroihin ja kuinka he yhdessä pyrkivät lopettamaan ristiretket ja ottamaan Pyhän maan hallintaansa. Kun kummankin puolen miehet on tapettu, hän saa selville, että Robertin viimeinen juoni on yrittää yhdistää kristittyjen ja muslimien joukot uutta yhteistä vihollista, assassiineja, vastaan. Altaïr kukistaa de Sablén Leijonamieli-Rikhardin edessä mutta epäonnistuu vakuuttamaan kuningasta siitä, että sodan päättyminen olisi molemmille osapuolille tervetullutta. De Sablélta Altaïr saa selville, että Al Mualim oli itse temppeliherrain jäsen ja käytti assassiinia tappaakseen muut jäsenet, jotka tiesivät aarteen voiman salaisuuden, jotta hän voisi itsekeskeisesti pitää artefaktin itsellään.
Altaïr palaa nopeasti Masyafiin ja kohtaa mestarinsa, joka paljastaa hänelle totuuden: Eedenin kappale, jonka hän oli saanut takaisin Altaïrin avustuksella juuri ennen tämän rikkomusta, luo illuusioita. Hän kieltää uskonnon ja muut näennäisesti yliluonnolliset tapahtumat (esim. Egyptin kymmenen vitsausta, Punaisenmeren jakautuminen ja kreikkalaisten jumalien läsnäolo Troijan sodassa) Eedenin kappaleen aiheuttamina illuusioina ja ilmoittaa aikovansa käyttää artefaktia pakottaakseen ihmiskunnan aivopestyyn tilaan ja näin lopettaakseen kaikki konfliktit. Lopulta Altaïr pystyy näkemään artefaktin luomien harhojen läpi ja tappaa Al Mualimin. Kun Altaïr saa artefaktin takaisin, Eedenin kappale aktivoituu ja näyttää holografisen näkymän maailmasta, jossa on merkittynä lukuisia muita Eedenin kappaleiden sijainteja ympäri maapallon.
Kun prosessi on valmis, Desmond oppii, että Abstergo on moderni temppeliherrain peiteorganisaatio ja että he etsivät jo muita artefakteja Altaïrin muistoissa esiintyvistä sijainneista. Lisäksi hän saa tietää, että nykyajan assassiinit olivat yrittäneet pelastaa hänet ennen muistin loppumista mutta epäonnistuivat. Tämän jälkeen Desmond oli määrä tappaa korkea-arvoisen temppeliherran, Alan Rikkinin, käskystä, mutta Lucy Stillman pelasti hänet kuolemalta ja viittasi yhdessä vaiheessa assassiinien perinteeseen piilottaa sormus sormensa kämmenen sisään.
Vaikka Desmond jää vangiksi Abstergo-laboratorioon, hänen kokemuksensa Animuksessa on luonut Bleeding Effectin Altaïrin elämästä hänen omaansa, jolloin Desmond voi käyttää Altaïrin Kotkan katsetta, joka puolestaan mahdollistaa hänen nähdä outoja viestejä huoneensa seinillä ja laboratorion lattialla. Viestit käsittelevät erilaisia maailmanlopun muotoja eri kulttuureista, mukaan lukien useita viittauksia 21. joulukuuta 2012, päivämäärään, jolloin Abstergo aikoo laukaista satelliitin, joka "lopettaa sodan pysyvästi." On vihjattu, että tämä tapahtuisi samalla tavalla kuin Al Mualim hypnotisoi Masyafin, vain suuremmassa mittakaavassa. Lopulta peli päättyy Desmondin pohtiessa, mitä kuvat tarkoittavat ja kuka ne olisi voinut piirtää.