Yhteenveto
Palaa Ihmemaahan ja koe täysin uusi painajainen, kun Alice taistelee saadakseen takaisin järkensä ja selvittääkseen totuuden menneisyydestään. Voiko Alice pelastaa Ihmemaan – ja itsensä – hulluudelta, joka uhkaa niellä heidät molemmat?
Tarina
Ensimmäisen pelin tapahtumissa Alice Liddell, pitäen itseään vastuullisena tulipalosta, joka tuhosi hänen kotinsa ja perheensä, pakenee käänteiseen versioon Ihmemaasta. Hänet on otettu hoitoon Rutledge Asylum -laitokselle, missä Alice pystyy voittamaan epäilyksensä ja vapautuu lopulta osastolta. Madness Returns sijoittuu vuoteen 1875, vuosi Alicen vapautumisen jälkeen. Alice, nyt 19-vuotias, asuu orpokodissa viktoriaanisessa Lontoossa, Dr. Angus Bumby -nimisen psykiatrin hoidossa, joka käyttää hypnoosia auttaakseen lapsipotilaitaan unohtamaan muistonsa. Vaikka Alice uskoo olevansa kunnossa, hän kärsii edelleen hallusinaatioista, jotka liittyvät Ihmemaahan.
Eräänä päivänä asioidessaan Alice kokee hallusinaation ja uskoo olevansa jälleen Ihmemaassa. Aluksi idyllinen maa muuttuu nopeasti turmeltuneeksi Infernaalijunan riehuessa läpi sen, jättäen jälkeensä Tuhoa, voiman, joka yrittää pysäyttää Alicen. Alice tapaa Cheshire-kissan, joka vakuuttaa, että jokin ulkopuolinen voima, ei Alice itse, on aiheuttanut tämän turmeltumisen, ja kehottaa häntä etsimään vanhoja ystäviä ja vihollisia löytääkseen junan alkuperän. Loppupelin aikana Alice palaa hetkeksi todellisuuteen Ihmemaassa tapahtuvien jaksojen välillä. Todellisessa maailmassa Alice saa perheen asianajajalta tietää, että hänen siskonsa Elizabeth (lempinimeltään "Lizzie") kuoli ensimmäisenä tulipalossa, vaikka hän oli kauimpana sen lähteestä, ja että hänet oli lukittu huoneeseensa.
Turmeltuneessa Ihmemaassa Alice yrittää oppia lisää Ihmemaan eri asukkailta, kuten Herttuattarelta, Hullulta Hatuntekijältä, Vale-Kilpikonnalta, Mursulta ja Puusepältä sekä Toukasta. Lopulta hänelle kerrotaan, että Herttakuningatar on yhä elossa, vaikka Alice oli aiemmin voittanut hänet, vaikkakin heikentyneenä. Kuningattaren linnassa Alice löytää kuningattaren todellisen muodon, joka muistuttaa hänen nuorempaa itseään. Kuningatar paljastaa, että olento nimeltä Nukkemestari on ottanut Infernaalijunan hallintaansa ja turmelee Ihmemaata.
Palatessaan Lontooseen Alice alkaa muistaa tulipaloyön tapahtumia ja tajuaa Dr. Bumbyn olleen siellä. Hän on vastuussa Alicen sisaren ja koko perheen kuolemasta. Alice päätyy siihen johtopäätökseen, että Dr. Bumby yrittää pyyhkiä tulipalon muistot hänen mielestään ja, kuten hän on tehnyt muillekin lapsille, yrittää jättää hänet "tyhjäksi leluksi", jonka hyväksikäyttäjät voivat ostaa. Raivostuneena Alice kohtaa sekä Dr. Bumbyn todellisessa maailmassa Moorgaten asemalla että Dr. Bumbyn Ihmemaa-vastineen, Nukkemestarin, fantasioissaan Infernaalijunassa. Dr. Bumby myöntää rikoksensa ja jopa sanoo sytyttäneensä Alicen kodin tuleen sen jälkeen, kun Lizzie kieltäytyi hänen lähentelyistään, poistaen kaikki todistajat siitä, että hän oli raiskannut tytön sinä yönä. Hän huomauttaa, että tuhoamalla Alicen Ihmemaan, hän saa tytön unohtamaan tuon yön tapahtumat, samalla kun hän itse jatkaa korkeassa asemassa yhteiskunnassa. Alice voittaa Nukkemestarin Ihmemaassa, antaen hänelle voiman todellisessa maailmassa ja mielessään työntää Dr. Bumby lähestyvän junan eteen, tappaen hänet.
Kun Alice poistuu asemalta, hän huomaa olevansa hybridinäyssä Lontoosta ja Ihmemaasta, Lontoomaassa. Alice vaeltaa tuntemattomassa maastossa, kun Cheshire-kissa kertoo, että Alice on löytänyt totuuden, joka "kannatti taistelun tuomaa kipua", ja Ihmemaa, vaikka vahingoittunut, on toistaiseksi turvassa.