Naughty Dog Engine on Naughty Dogin kehittämä oma pelimoottori, jota on käytetty useilla konsolisukupolvilla vuodesta 2007 lähtien. Ensimmäisen kerran sitä käytettiin PlayStation 3 -konsolilla pelissä Uncharted: Drake’s Fortune, ja se on kehittynyt eri versioiden myötä tukemaan PlayStation 4- ja PlayStation 5 -pelejä, kuten The Last of Us Part II ja The Last of Us Part I. Moottorissa on edistyneitä animaatiojärjestelmiä, dynaamista valaistusta ja Sony-laitteille räätälöityjä optimointeja. Se ei ole julkisesti saatavilla, vaan ainoastaan Naughty Dogin käytössä.