Square-yhtiön sisäinen osasto perustettiin vuonna 1996. He tuottivat pelejä kuten Chrono Cross, Threads of Fate ja Xenogears.

2000-luvun vaihteessa he alkoivat kehittää Final Fantasy -sarjan ensimmäistä MMO-peliä: Final Fantasy XI Onlinea.

Kun he yhdistyivät Enix Corporationin kanssa vuonna 2003, he tunnettiin yksinkertaisesti nimellä Square Enix Product Development Division 3.