Maaliskuussa 2007 Square Enix muutti yrityksensä rakenteen projektipohjaiseksi.

Ensimmäinen Tuotanto-osasto perustettiin yhdistämällä Square Enixin Tokion ja Osakan kehitysstudiot syksyllä 2010, ja Shinji Hashimoto toimi sen yritysjohtajana.

Nimestä huolimatta ei ollut olemassa "toista" tai "kolmatta" Tuotanto-osastoa, vaan muu yritysrakenne jatkoi tavanomaista Tuotekehitysosaston järjestelmää siitä lähtien, kun Square ja Enix yhdistyivät vuonna 2003.

Joulukuussa 2013 Square Enix järjestäytyi uudelleen, ja tämä tiimi sulautettiin Liiketoimintadivisioona 1:een.