Huhtikuussa 2005 muodostettiin tuotantotiimi, kun Konami yhdisti useita tytäryhtiöitään, mukaan lukien Kojiman ryhmän Konami Computer Entertainment Japanilta. Kojiman mukaan fuusio vapautti hänet liiketoiminnan hallinnollisista ja johtamiseen liittyvistä tehtävistä, joita hänellä oli KCEJ:n varapresidenttinä, ja Kojima Productionsin johtajana hän pystyi keskittymään pelien luomiseen.
Kojiman mukaan, vaikka hänellä oli nyt paikka Konamin hallituksessa, hänen piti silti vakuuttaa henkilöstö investoimaan hänen peli-ideoihinsa.
16. maaliskuuta 2015 Konami ilmoitti uudistaneensa pelikehitysoperaationsa muuttaakseen tuotantorakenteen pääkonttorivetoiseksi järjestelmäksi, "jotta voimme luoda vakaan toimintapohjan, joka kykenee vastaamaan digitaalisen viihdeliiketoimintamme nopeisiin markkinamuutoksiin". Muutamaa päivää myöhemmin eräs nimetön Konamin työntekijä kertoi, että Kojima ja studion johtohenkilöstö suunnittelivat jättävänsä Konamin joulukuussa 2015 sopimustensa päätyttyä ja The Phantom Pain -pelin julkaisun jälkeen. Konami kiisti Kojiman lähdön ja ilmoitti, että hän olisi yhä mukana yhtiössä ja Metal Gear -sarjassa. Kojima vahvisti olevansa yhä "100% mukana" The Phantom Painissa ja oli päättänyt tehdä siitä parhaan mahdollisen pelin. Joulukuussa 2015 tuotantotiimi oli ehdolla Vuoden kehittäjäksi The Game Awards 2015 -tapahtumassa, mutta hävisi CD Projekt Redille. Kojiman kerrottiin estyneen Konamin lakimiesten toimesta osallistumasta tapahtumaan, joten Big Bossin näyttelijä Kiefer Sutherland joutui vastaanottamaan palkinnot The Phantom Painin puolesta.
16. joulukuuta 2015 Kojima ilmoitti yhdessä Sony Computer Entertainmentin kanssa perustavansa itsenäisen studion, myös nimeltään Kojima Productions, yhdessä Yoji Shinkawan ja Kenichiro Imaizumin kanssa. Studio ilmoitti kehittävänsä uuden pelisarjan PlayStation 4:lle. Kojima kertoi, että hän "ottaa uuden haasteen vastaan perustamalla oman itsenäisen studionsa, ja olen innoissani voidessani aloittaa tämän matkan PlayStationin kanssa, jonka kanssa olen tehnyt yhteistyötä kaikki nämä vuodet". Vuonna 2016 studio avasi pienen osaston Amsterdamiin, lähelle Guerilla Gamesia, joka kehitti Decima-pelimoottorin, jota Kojima käyttää.
E3 2016 -tapahtumassa Kojima esitteli Death Stranding -pelin trailerin Sonyn pre-E3-konferenssissa. Sony Interactive Entertainment julkaisi sen vuonna 2019, ja PC-versio julkaistiin 505 Gamesin toimesta Windowsille heinäkuussa 2020. Imaizumi jätti yhtiön vuonna 2019.
12. kesäkuuta 2022 Microsoftin digitaalisen esityksen aikana Kojima ilmoitti tehneensä yhteistyösopimuksen Xbox Game Studiosin kanssa kehittääkseen uuden pelin, jossa on "ennen näkemätön konsepti" ja joka hyödyntää Microsoftin "edistyksellistä pilviteknologiaa". The Game Awards 2023 -tapahtumassa Kojima paljasti uuden pelin, OD. Myös Jordan Peelen kerrottiin työskentelevän Kojiman kanssa pelin parissa.
