Intelligent Systems Co., Ltd. on japanilainen videopelien kehittäjä, joka tunnetaan parhaiten Nintendon julkaisemista peleistä, kuten Fire Emblem, Paper Mario, WarioWare ja Wars -pelisarjat. Alun perin yrityksen pääkonttori sijaitsi Nintendon Kioton tutkimuskeskuksessa Higashiyama-kussa, Kiotossa, mutta se muutti lähelle Nintendon pääkonttoria lokakuussa 2013. Yritys on myös luonut erilaisia kehitystyökaluja, joita sekä ensimmäisen että kolmannen osapuolen kehittäjät ovat käyttäneet Nintendo-järjestelmien pelien tekemiseen, kuten IS Nitro Emulator, joka on Nintendo DS:n virallinen kehityspaketti.
Intelligent Systems sai alkunsa, kun ohjelmoija Toru Narihiro palkattiin Nintendolle muuttamaan Famicom Disk System -ohjelmistoja standardiin ROM-kasettimuotoon, jota käytettiin NES-konsolissa Japanin ulkopuolella. Samoin kuin HAL Laboratoryn alkuvaiheissa, tiimistä tuli pian Nintendolle lisäohjelmointiyksikkö, joka tarjosi järjestelmätyökaluja ja palkkasi ihmisiä ohjelmoimaan, korjaamaan tai siirtämään Nintendon kehittämää ohjelmistoa. Suuri osa tiimin alkuperäisestä työstä koostuu pienistä panoksista Nintendon R&D1 ja Nintendo EAD -yksiköiden kehittämiin suurempiin peleihin.
Narihiro ohjelmoi ensimmäiset videopelinsä, Famicom Wars ja Fire Emblem: Shadow Dragon and the Blade of Light, Famicomin elinkaaren loppupuolella, vaikka pelisuunnittelu, graafinen suunnittelu ja musiikki olivat Nintendo R&D1 -tiimin käsialaa. Narihiron menestyksen ansiosta Intelligent Systems alkoi palkata graafisia suunnittelijoita, ohjelmoijia ja muusikoita laajentaakseen yritystä apuvälineiden kehittäjästä pelinkehitystiimiksi. Yritys jatkoi uusien osien kehittämistä Wars ja Fire Emblem -sarjoihin.
Vuonna 2000 Intelligent Systems tuotti Paper Marion Nintendo 64:lle, josta tuli yllätyshitti ja se johti viiteen jatko-osaan. Kolme vuotta myöhemmin ensimmäinen WarioWare-sarjan osa julkaistiin Game Boy Advancelle, ja siitäkin tuli menestyksekäs sarja.
Kaikkia Intelligent Systemsin kehittämiä pelejä ei julkaise Nintendo. Cubivore: Survival of the Fittest (joka kehitettiin yhteistyössä Intelligent Systemsin kanssa) julkaistiin Pohjois-Amerikassa Atluksen toimesta; Intelligent Systems kehitti myös useita Dragon Quest -pelejä, jotka julkaisi Square Enix.
