Blue Byte GmbH perustettiin lokakuussa 1988 Thomas Hertzlerin ja Lothar Schmittin toimesta kehittäjäksi, ja se tuli tunnetuksi erityisesti Anno- ja The Settlers -pelisarjojen kehittämisestä. Ubisoft osti studion vuonna 2001. Related Designs yhdistettiin Blue Byteen vuonna 2013, ja kolmas studio perustettiin Berliiniin vuonna 2018. Vuodesta 2019 lähtien Ubisoft Blue Byte on toiminut Ubisoftin kolmen saksalaisen studion emoyhtiönä, ja studiot nimettiin Ubisoft Düsseldorfiksi, Ubisoft Mainziksi ja Ubisoft Berliniksi. Vuoteen 2020 mennessä "Blue Byte" -nimeä ei enää käytetty.